PXD000189：寻找铜绿假单胞菌MagD互作蛋白

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD000189

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

机会性病原体铜绿假单胞菌可合成一种与人类α2-巨球蛋白蛋白结构同源的蛋白，后者是一种广谱蛋白酶抑制剂，也是先天免疫的重要参与者。对铜绿假单胞菌Delta-MagD和MagD-WT菌株进行裂解，并将裂解液用抗MagD抗体进行共免疫沉淀（2个生物学重复）。免疫沉淀得到的蛋白进行胶内酶解，所得肽段通过nanoLC-MS/MS进行分析。使用Mascot进行鉴定，并用IRMa软件过滤（1% FDR）。结果导出至关系数据库（MSIdb），并使用hEIDI软件处理，以鉴定相较于delta-MagD样本在MagD-WT样本中富集的蛋白。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。