基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1499320：188株大肠杆菌全基因组测序与从头组装

该数据集对应 NCBI BioProject 编号 1499320，英文名称为“Whole-genome sequencing and de novo assembly of 188 Escherichia coli isolates”，即 188 株大肠杆菌（Escherichia coli）分离株的全基因组测序与从头组装项目。其来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1499320 - BioProject - NCBI”，主题标签为 Genome sequencing。在本站分类体系中，该数据集归入感染 / 感染性疾病方向。整体来看，该资源围绕大肠杆菌分离株的基因组测序与组装展开，适合需要获取或了解该 BioProject 所关联基因组数据的研究人员使用。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种项目级记录形式，用于汇集与某一项研究计划相关的生物学数据。按照源站描述，一个 BioProject 通常源自单一机构或一个联合体，旨在围绕同一项研究倡议组织数据。它的作用是为用户提供一个统一的入口，以便查找该项目所产生的多种类型数据。该数据集正是这样一个 BioProject 记录，编号为 1499320，聚焦于 188 株 Escherichia coli 分离株的全基因组测序与从头组装。其主题标签为 Genome sequencing，本站将其归类于感染 / 感染性疾病，说明该资源在应用层面与感染性疾病研究相关。

【数据内容】

该数据集的核心内容是 188 株 Escherichia coli 分离株的全基因组测序与从头组装数据。英文名称明确指出了测序对象为 188 个分离株，并同时包含全基因组测序和 de novo assembly（从头组装）两项内容。主题标签为 Genome sequencing，进一步表明其数据主题围绕基因组测序展开。除上述信息外，关于数据的具体文件类型、数据量、组装质量指标、注释信息等，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来自 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1499320 - BioProject - NCBI”。根据源站描述，BioProject 记录来源于单一组织或联合体，并作为相关生物学数据的集合入口。该项目的具体样本采集地点、采集时间、分离来源、机构信息等，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签 Genome sequencing 以及本站分类“感染 / 感染性疾病”，该数据集可适用于与大肠杆菌基因组测序、从头组装以及感染性疾病相关的研究场景。例如，研究人员可能将其用于比较基因组分析、分离株基因组特征研究等方向。但具体适用场景需结合用户自身研究目的判断，源站未提供明确的适用建议或推荐用途。

【使用方法】

该数据集以 NCBI BioProject 记录的形式提供，用户可通过 BioProject 编号 1499320 在 NCBI 站点查找该项目及其关联的数据链接。按照源站描述，BioProject 记录为用户提供单一入口，以便找到该项目产生的多种数据类型。关于具体的数据下载方式、分析流程、软件工具或操作步骤，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集包含 188 株 Escherichia coli 分离株的全基因组测序与从头组装数据，主题标签为 Genome sequencing。关于数据质量评估指标、组装完整度、污染情况、测序深度、覆盖度等具体质量信息，源站未提供。使用时应结合源站记录自行核实数据质量与适用性。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI BioProject，编号 1499320，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的引用格式、许可条款、使用限制或授权信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1499320

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1499320

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目对188株大肠杆菌分离株进行全基因组鸟枪法测序及从头组装。所有基因组均在Illumina平台上完成测序，并使用SPAdes软件进行组装。该数据集旨在用于后续的比较基因组分析、抗菌药物耐药性分析及群体遗传学研究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别