囊性纤维化患者铜绿假单胞菌临床分离株在一年 ETI 治疗期间的基因组动态

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1487289),收录囊性纤维化患者在接受 elexacaftor-tezacaftor-ivacaftor(ETI)治疗一年期间分离的铜绿假单胞菌临床菌株的基因组数据,用于研究治疗过程中该菌的基因组动态变化

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基因组分类Genome sequencing
PRJEB113833: Genomic dynamics of Pseudomonas aeruginosa clinical isolates from people with cystic fibrosis during one year of elexacaftor-tezacaftor-ivacaftor treatment

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

囊性纤维化患者铜绿假单胞菌临床分离株在一年 ETI 治疗期间的基因组动态

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1487289),主题为囊性纤维化患者在接受 elexacaftor-tezacaftor-ivacaftor(ETI)治疗一年期间分离的铜绿假单胞菌临床菌株的基因组动态变化。数据集英文名称为“PRJEB113833: Genomic dynamics of Pseudomonas aeruginosa clinical isolates from people with cystic fibrosis during one year of elexacaftor-tezacaftor-ivacaftor treatment”,源站标题为“Pseudomonas aeruginosa genomic dynamics during ETI... (ID 1487289) - BioProject - NCBI”。本站将其归类于感染 / 感染性疾病,主题标签为 Genome sequencing。该数据集的核心价值在于围绕 ETI 治疗这一特定临床背景,提供铜绿假单胞菌临床分离株的基因组数据,以支持对治疗过程中该菌基因组动态变化的研究。

【数据集背景】

铜绿假单胞菌是囊性纤维化患者呼吸道感染中常见的病原体之一,其基因组变化可能与慢性感染的维持、治疗应答及耐药性演化相关。elexacaftor-tezacaftor-ivacaftor(ETI)是一种用于囊性纤维化患者的治疗组合。该数据集聚焦于患者接受 ETI 治疗一年这一时间窗口,旨在通过基因组数据观察铜绿假单胞菌在治疗期间的基因组动态。源站为 ncbi.nlm.nih.gov,该数据集以 BioProject 形式组织,BioProject 是围绕单一研究计划或由单一组织、联盟发起的生物数据的集合,为用户提供查找该项目所产生多种数据类型的统一入口。

【数据内容】

该数据集收录的是囊性纤维化患者在接受 ETI 治疗一年期间分离的铜绿假单胞菌临床菌株的基因组数据。主题标签为 Genome sequencing,表明数据与基因组测序相关。数据集英文名称中明确包含“Genomic dynamics”,说明其内容指向基因组层面的动态变化研究。除上述信息外,关于具体样本数量、测序平台、读长、组装质量、基因注释、变异类型、菌株数量、患者数量、时间点划分等细节,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题显示其归属于 NCBI BioProject,ID 为 1487289。数据集英文名称中的“PRJEB113833”为其项目编号。样本来自囊性纤维化患者,分离对象为铜绿假单胞菌临床菌株,采集时间背景为接受 ETI 治疗一年期间。关于采集地点、采集机构、伦理审批、患者知情同意、样本处理流程、测序机构等具体信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究囊性纤维化患者在接受 ETI 治疗期间铜绿假单胞菌的基因组动态变化。潜在应用方向包括:比较治疗前后或治疗期间不同时间点分离菌株的基因组差异;探索与治疗相关的基因组演化特征;支持感染 / 感染性疾病领域的微生物基因组学研究;为后续耐药机制、菌株适应性及临床微生物学分析提供基因组数据基础。关于该数据集是否已用于特定发表成果、是否包含临床元数据、是否支持耐药表型关联分析等,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 NCBI BioProject 记录的形式提供,用户可通过 BioProject ID 1487289 在 NCBI 站点查找该项目所链接的多种数据类型。BioProject 记录本身提供统一入口,便于定位由该项目生成的数据。关于具体下载方式、文件格式、数据量、是否提供原始测序读长或组装序列、是否需要专用工具分析、是否有配套分析流程等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject,属于公共生物数据资源。其主题标签为 Genome sequencing,数据内容围绕铜绿假单胞菌临床分离株的基因组。关于数据质量指标、测序深度、覆盖度、污染控制、样本重复性、时间序列完整性、患者数量与菌株数量的代表性、是否经过同行评审、是否存在批次效应等,源站未提供。使用时应结合源站记录中的原始描述与链接数据自行评估适用性。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制、是否允许商业用途、是否需要联系原始提交者等,源站未提供。用户在使用时应遵循 NCBI 及 BioProject 记录中给出的相关条款与原始项目方的要求。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB113833

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究纳入了从囊性纤维化患者中分离的纵向铜绿假单胞菌临床分离株的基因组组装,这些样本采集于elexacaftor tezacaftor-ivacaftor治疗开始前后。该数据集旨在探究一年内参与者体内的基因组动态变化,包括菌株的持续存在或替换以及纵向分离株间的序列变异。所提交的组装对应于单个铜绿假单胞菌分离株的从头组装基因组。

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