莱姆病外周血单个核细胞单细胞RNA测序数据集

资源简介

莱姆病外周血单个核细胞单细胞RNA测序数据集

GSE350157 是一项针对莱姆病的单细胞 RNA 测序数据集，来源于 NCBI GEO，主题为外周血单个核细胞（PBMC）的基因表达谱分析。该数据集以早期莱姆病成人患者和健康对照为研究对象，通过单细胞转录组测序刻画 PBMC 的细胞类型构成与基因表达特征；在拥有配对样本的患者中，还比较了诊断时与一年随访两个时间点的 PBMC 细胞类型比例和基因表达变化。数据集归属于感染 / 感染性疾病分类，包含 1 个数据文件，样例文件为 GSE350157_series_matrix.txt.gz，采用高通量测序进行表达谱分析，物种为人（9606），平台编号为 GPL24676。

【数据集背景】

莱姆病是一种由蜱传播的感染性疾病，其早期阶段的宿主免疫反应特征对于理解疾病进程具有重要意义。外周血单个核细胞包含多种参与先天性与适应性免疫的细胞类型，是观察感染后免疫应答的重要窗口。该数据集正是围绕早期莱姆病成人患者与健康对照的 PBMC 展开单细胞水平的表达谱研究，旨在从细胞类型比例和基因表达两个层面刻画感染状态下的外周血免疫景观，并借助部分患者的纵向配对样本观察诊断时与一年随访之间的变化。

【数据内容】

数据集的核心内容是外周血单个核细胞的单细胞 RNA 测序表达数据，覆盖早期莱姆病成人患者与健康对照两类研究对象。对于具有配对样本的患者，数据同时包含诊断时和一年随访两个时间点的 PBMC 信息，可用于比较不同时间点之间的细胞类型比例与基因表达差异。数据集以表达谱分析为目的，属于高通量测序产生的基因表达数据。数据集仅包含 1 个文件，样例文件名为 GSE350157_series_matrix.txt.gz，采用 GZIP 压缩格式存储。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI GEO（ncbi.nlm.nih.gov），源站标题为“Single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells in Lyme disease”。研究对象为成人早期莱姆病患者及健康对照，样本类型为外周血单个核细胞。数据由 Clifford、Rostomily 提交，发布时间为 Oct 08 202（源站所载日期原文如此）。数据集的主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL24676 和 9606，分别对应高通量测序表达谱、测序平台编号与人物种编号。

【适用场景】

该数据集适用于感染性疾病特别是莱姆病相关的免疫学研究场景，可用于分析早期感染状态下 PBMC 各细胞类型的比例构成，比较患者与健康对照之间的基因表达差异，以及利用配对样本考察诊断时与一年随访之间细胞类型比例和基因表达的动态变化。对于关注外周血免疫细胞组成、单细胞转录组分析流程验证以及感染后纵向免疫应答比较的研究者，该数据集提供了可直接接入的分析素材。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE350157_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包的格式进行读取。建议先在小样本上核对字段结构与编码方式，确认无误后再批量接入完整数据，以避免因格式或编码问题导致的分析偏差。后续分析可围绕细胞类型比例比较和基因表达差异比较两条主线展开，并结合配对样本设计进行诊断时与随访时点之间的对照分析。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量、测序深度、细胞数量、质控标准等方面的具体说明。该数据集仅包含 1 个文件，样本层面的详细元数据需以源站记录为准。由于缺少质量评估信息，使用前应自行完成必要的质控与字段核对。此外，源站描述仅涉及早期莱姆病成人患者与健康对照，未提及其他疾病阶段或人群范围，结论外推需谨慎。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可条款的具体信息，使用时请参照 NCBI GEO 源站记录中的相关说明。