麻省总医院布莱根抗生素耐药性微生物学数据集

源站描述指出,该数据集包含超过225,000名患者和超过970,000份培养物的详细微生物学与临床元数据,这些培养物是10年间收集的

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Antibiotic Resistance Microbiology Dataset Mass General Brigham (ARMD-MGB)

基本信息

模态
其他
任务类型
分类
许可
PhysioNet Credentialed Health Data License 1.5.0
创建/更新时间
2026-10-01
版本
1.0.0

资源简介

麻省总医院布莱根抗生素耐药性微生物学数据集

Antibiotic Resistance Microbiology Dataset Mass General Brigham(ARMD-MGB)是一个来自 physionet.org 的数据集,源站标题为 armd-mgb,本站将其归入“感染 / 感染性疾病”分类。源站描述指出,该数据集包含超过225,000名患者和超过970,000份培养物的详细微生物学与临床元数据,这些培养物是10年间收集的。

【数据集背景】

该数据集的主题从名称可见与抗生素耐药微生物学相关,英文名中包含 Mass General Brigham。其来源站为 physionet.org,本站分类为感染 / 感染性疾病,源站标题为 armd-mgb。关于该数据集的设立背景、项目目标、发起机构、合作单位、历史沿革以及构建目的等,源站未提供。

【数据内容】

源站描述说明,该数据集包含详细的微生物学与临床元数据,覆盖超过225,000名患者和超过970,000份培养物,这些培养物是10年间收集的。关于具体字段、变量类型、微生物种类、药物敏感性检测项目、临床元数据的具体组成、数据表结构、文件格式、数据体积等,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来自 physionet.org,源站标题为 armd-mgb,英文名为 Antibiotic Resistance Microbiology Dataset Mass General Brigham(ARMD-MGB)。源站描述提到,相关培养物是10年间收集的,覆盖超过225,000名患者和超过970,000份培养物。关于采集地点、采集机构、采样方式、纳入与排除标准、时间起止范围、伦理审查流程以及去标识化处理方式等,源站未提供。

【适用场景】

源站未提供明确的适用场景说明。该数据集在本站被归入感染 / 感染性疾病分类,名称中包含抗生素耐药微生物学相关表述,因此其主题与感染性疾病和抗生素耐药微生物学方向相关;但源站未说明推荐的研究问题、分析任务、模型开发用途或临床决策支持用途。具体应用场景需以源站说明为准。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法。已知其许可为 PhysioNet Credentialed Health Data License 1.5.0,使用该数据集应遵循该许可的要求。关于申请条件、访问权限、下载途径、数据读取方式、软件环境、预处理步骤以及配套文档等,源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供质量评估、数据完整性、缺失值、偏差、代表性、标注可靠性或局限性说明。可确认的规模信息是覆盖超过225,000名患者和超过970,000份培养物,时间跨度为10年;该数据集包含与这些患者和培养物相关的详细微生物学与临床元数据。该数据集以 PhysioNet Credentialed Health Data License 1.5.0 为许可;除此之外的质量与限制说明源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的许可为 PhysioNet Credentialed Health Data License 1.5.0。来源站为 physionet.org,源站标题为 armd-mgb,数据集英文名为 Antibiotic Resistance Microbiology Dataset Mass General Brigham (ARMD-MGB)。关于正式引用格式、版本号、DOI、发布日期、更新记录以及致谢要求等,源站未提供。

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取(PhysioNet)

PhysioNet 数据需注册账号(机构邮箱)并签署数据使用协议后下载:

  1. 在 https://physionet.org/content/armd-mgb/1.0.0 页面登录并接受许可条款;
  2. 命令行整目录下载:
wget -r -N -c -np --user=<账号> --ask-password https://physionet.org/files/armd-mgb/1.0.0/
  1. 或用官方工具(推荐,支持断点续传与校验):
pip install physionet-download
physionet-download armd-mgb

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

抗生素耐药微生物学数据集 – MGB(ARMD-MGB)是一种去标识化资源,源自电子健康记录(EHR),可促进抗微生物药物耐药性(AMR)研究。ARMD-MGB 涵盖从 Mass General Brigham 医疗系统旗下医院中超过 225,000 名成年患者、历时 10 年收集的数据。数据重点在于超过 970,000 份微生物培养,以及相关的抗生素敏感性,还有提交样本患者的临床和人口统计学特征。关键属性包括微生物身份、半定量抗生素敏感性结果、敏感性表型和去标识化临床元数据。

许可

PhysioNet Credentialed Health Data License 1.5.0

引用

学术使用请引用:Wei et al. (2025). Antibiotic Resistance Microbiology Dataset Mass General Brigham (ARMD-MGB). PhysioNet. doi:10.13026/2r5k-b955 DOI 10.13026/2r5k-b955。

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