成人血液样本中类固醇难治/依赖型移植物抗宿主病期间宏基因组二代测序揭示病毒序列

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Aab9dbc40e17b0603d702b1324da2aff95ea2208dc1174898f69af86889edb4ff

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：病毒感染是异基因造血干细胞移植（allo-HSCT）后常见的并发症。伴有类固醇难治性/依赖性移植物抗宿主病（GvHD）的allo-HSCT受者处于高度免疫抑制状态，更易感染弱致病性或共生病毒。本研究纳入了2016年至2019年间在日内瓦大学医院前瞻性队列中登记的25例伴有急性或慢性类固醇难治性/依赖性GvHD的成人allo-HSCT受者。我们采用经验证的病毒分析流程进行宏基因组下一代测序（mNGS）分析，并对在强化类固醇治疗或二线GvHD治疗期间收集的混合储存常规血浆样本进行de novo分析，以识别弱致病性、共生及意外病毒。结果：强化免疫抑制的中位持续时间为5.1个月（IQR 5.5）。GvHD相关死亡率为36%。mNGS分析在24/25例患者中检测到病毒核苷酸序列。在16/25例患者中检测到≥3种不同病毒的序列，其中指环病毒科（24/25）和人pegivirus-1（9/25）最为常见。

在7/25例具有致命结局的患者中，通过mNGS鉴定出常规检查未评估的意外病毒序列，并经RT-PCR确认。这些病例包括乌苏图病毒（1例）、风疹病毒（1例疫苗株和1例野生型）、新型人星状病毒（HAstV）MLB2（1例）、经典HAstV（1例）、人多瘤病毒6和7（2例）、cutavirus（1例）和bufavirus（1例）。结论：在28%的伴有类固醇难治性/依赖性GvHD的高度免疫抑制allo-HSCT受者中，鉴定出意外的、机会性和迁延性病毒感染。这些鉴定出的病毒此前均已在人类中描述过，但其临床意义尚不清楚。风疹病毒的鉴定提示了过去感染或疫苗接种后重新出现的可能性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。