新墨西哥州球孢子菌病（谷热）流行病学与临床特征及球孢子菌属疾病生态学研究（2006-2023年）

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A572a1c99f1f5cca60d495c8b68c0c2bc62643c01e8fcf906fab7b9e6e6da571e

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

球孢子菌病（谷热）由球孢子菌属引起，是一种在美洲半干旱地区地方性流行的真菌感染。尽管在新墨西哥州该病已被认识80年，但疾病认知仍然有限。我们整合了临床、流行病学和生态学数据集，以总结新墨西哥州谷热的相关知识。我们分析了18年间1，541例人类病例。平均每年报告86例（每年每10万人口4.1例）。发病率最高的是新墨西哥州西南部。新墨西哥州的美洲印第安人或阿拉斯加原住民的球孢子菌病发病率是白人的1.9倍，在各年龄组中，新墨西哥州老年人口的发病率最高。

我们分析了新墨西哥州拉斯克鲁塞斯附近的300份土壤样本，以检测是否存在球孢子菌，并报告了该州首次已知的阳性土壤样本，其中大部分来自以草地为主的地区和……新墨西哥州14名被诊断患有球孢子菌病的患者的临床标本被提交至新墨西哥州卫生部科学实验室分部（SLD），在那里使用PrepMan® Ultra试剂法（Applied Biosystems, Foster City, CA, USA）进行提取。我们使用ITS1-F和ITS4引物扩增了核糖体RNA（rRNA）的内转录间隔区（ITS），并将粗PCR产物送至Functional Biosciences（Madison, WI, USA），采用BigDye v.3.1化学法进行Sanger测序。序列质量以最低phred20截断值进行评估。正向和反向序列通过Sequencher v.5.1（Gene Codes, Ann Arbor, MI, USA）进行可视化和组装。从新墨西哥州患者收集的ITS rRNA序列与来自GenBank的参考序列Uncinocarpus reesii（登录号NR_111092）一起进行了系统发育分析。

我们使用mafft v.7.481，采用自动确定的设置对序列进行比对，并使用trimal v修剪了比对结果。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。