季节性流感疫苗候选株系统发育识别支持数据与代码

资源简介

季节性流感疫苗候选株系统发育识别支持数据与代码

Supporting data and code for: Phylogenetic identification of influenza virus candidates for seasonal vaccines

该数据集来自 search.dataone.org，提供用于识别季节性流感疫苗候选株的系统发育分析与机器学习支持数据及代码。研究基于血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）序列重建系统发育树，提取特征并结合支持向量机预测病毒未来流行情况，在 2016 至 2020 年间取得 0.75 至 0.89 的准确率（AUC 0.83 至 0.91）。数据可用于探索疫苗候选株筛选方法，并比较机器学习模型与近年共识序列的筛选效果（来源 DataONE，CC0 1.0 Universal (CC0 1.0) Public Domain Dedication 许可）。

【数据内容】

源站描述（机器翻译，仅供参考）：季节性流感疫苗旨在预防预计在即将到来的流感季节流行的流感病毒，但识别哪些病毒可能流行具有挑战性。我们利用从血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）序列重建的系统发育树特征，结合支持向量机，预测未来流行情况。在 2016 至 2020 年间，我们获得 0.75 至 0.89 的准确率（曲线下面积 AUC 0.83 至 0.91）。我们探索了选择季节性疫苗潜在候选株的方法，发现机器学习模型在筛选接近未来种群的毒株方面具有中等能力。然而，最近三年的共识序列在该任务上也表现良好。我们识别出的候选株与世界卫生组织提出的候选株相似，表明该方法可以帮助

【主题与分类】

主题标签：Machine learning、Vaccines、Influenza、Phylogenetics。本站分类：感染性疾病/其他。

【获取与许可】

源站页面：https://search.dataone.org/view/sha256%3Af1364cdc883ef4cbbbbe1766b9af7fdeae53630825dcc73932f04863f92492d4

使用许可：CC0 1.0 Universal (CC0 1.0) Public Domain Dedication。