HLA-E限制性UL40特异性T细胞的单细胞RNA-seq
该数据集来自ebi.ac.uk,为HLA-E限制性UL40特异性T细胞的单细胞RNA-seq数据。研究针对人巨细胞病毒感染中两类对UL40/HLA-E复合物具有不同TCR亲和力的T细胞群体,将单细胞分选至96孔板后进行单细胞RNA-seq分析,以探究高亲和力TCR的T细胞对抗原应答较低的机制

基本信息
资源简介
HLA-E限制性UL40特异性T细胞的单细胞RNA-seq
Single cell RNA-seq of HLA-E restricted UL40-specific T cells
该数据集来自ebi.ac.uk,为HLA-E限制性UL40特异性T细胞的单细胞RNA-seq数据。研究针对人巨细胞病毒感染中两类对UL40/HLA-E复合物具有不同TCR亲和力的T细胞群体,将单细胞分选至96孔板后进行单细胞RNA-seq分析,以探究高亲和力TCR的T细胞对抗原应答较低的机制。数据可用于研究T细胞受体亲和力与功能应答的关系及感染免疫中的T细胞异质性(来源 BioStudies)。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):人巨细胞病毒感染(CMV)可刺激产生强烈的人类白细胞抗原(HLA)-E限制性CD8 T细胞应答。这些T细胞识别来自UL40的肽段,该肽段与同样结合HLA-E的自身肽段之间仅相差一个甲基基团,这对其避免自身反应性的能力构成挑战。我们在一个供者中展示了两种不同的UL40/HLA-E T细胞群体,它们对UL40/HLA-E复合物的T细胞受体(TCR)亲和力差异巨大。然而, paradoxically,来自携带高亲和力HLA-E TCR的UL40/HLA-E T细胞的细胞因子应答较低。为确定这些携带高亲和力T细胞受体的T细胞对抗原应答较低的原因,我们进行了单细胞RNAseq分析。在单细胞RNA-seq分析之前,这两种不同的T细胞群体被单细胞分选到96孔板中。
【主题与分类】
主题标签:RNA-seq of coding RNA from single cells、Human - Single-cell sequencing、Homo sapiens。本站分类:感染性疾病/其他。
【获取与许可】
源站页面:https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/E-MTAB-10305
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数据说明
E-MTAB-10305 Single cell RNA-seq of HLA-E restricted UL40-specific T cells RNA-seq of coding RNA from single cells EFO EFO_0005684 Human - Single-cell sequencing Homo sapiens Human cytomegalovirus infection (CMV) can stimulate robust human leukocyte antigen (HLA)-E restricted CD8 T cell responses
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托三甲直采网络,提供合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。




