单细胞多组学分析鉴定COVID-19患者先天淋巴细胞差异表达的关键基因

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A612f8c8473b89161259070469bcbe88296a22c647fe10b3a96d6f40b88193136

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
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数据说明

固有淋巴样细胞（ILCs）富集于黏膜表面，能够对环境刺激迅速作出反应，并参与组织炎症与修复过程。为深入探究ILCs在COVID-19感染的病理过程及康复中的作用，我们采用多组学方法，包括Abseq和靶向mRNA测序，分别检测COVID-19患者与健康对照者外周血中ILCs的表面标志物表达、转录谱及异质性。我们发现，COVID-19患者中ILC1和ILC2细胞频率显著升高。此外，所有ILC亚群中表达CD69的细胞频率均显著增高，提示其处于高度活化状态。COVID-19患者的ILC2细胞中显著差异表达（DE）基因数量最多。

COVID-19与健康受试者之间最显著的差异表达基因包括：a）与病毒感染应答相关的基因……，研究参与者、采血与处理。参与者按照既往描述从在Stanford Health Care SARS-COV-2 RT-PCR检测呈阳性的成年人中招募（NCT04373148）。Covid样本采集于2020年5月至12月期间进行。本研究使用的队列由无症状（n=2）、轻症（n=17）和中度（n=3）COVID-19感染者组成，其中部分人发展为长期COVID-19（n=15）。诊断时的临床病例严重程度根据NIH发布的指南定义为无症状、中度或轻度。长期（LT）COVID定义为感染后30天或更长时间出现的症状，符合CDC指南。本研究中部分参与者在诊断后90天仍持续存在LT COVID症状（n=12）。COVID样本研究的排除标准为：在covid检测阳性时NIH严重程度诊断为重型或危重型。本研究选取的样本均在阳性后76天内获取

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。