筛选噬菌体抗性降低福氏志贺菌毒力

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Afca2352f69c690f31942a25cec04e55728db2210afb332e38643ab22e4851962

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

噬菌体疗法作为化学抗生素的替代方案，用于治疗细菌感染正日益受到关注，尤其是利用那些能够筛选出进化权衡的噬菌体——即在靶细菌中增加噬菌体抗性与降低毒力等适应度性状之间进行权衡。大量毒力因子使机会性致病菌福氏志贺菌（Shigella flexneri）能够侵入人肠道上皮细胞、在细胞内复制，并通过细胞间传播逃避宿主免疫；后者是导致组织损伤、促成宿主死亡的感染阶段。此前研究表明，福氏志贺菌外膜孔蛋白OmpA是毒力因子IcsA极性定位所必需的，IcsA可聚合宿主肌动蛋白，导致细菌在感染细胞内运动。我们假设，一种利用OmpA作为受体来识别、结合并感染福氏志贺菌的噬菌体，应能筛选出细胞间传播能力减弱的噬菌体抗性突变株……

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。