PARP-1或PARGs敲低的人MCF7细胞RNAi数据集

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-12952

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

聚(ADP-核糖)聚合酶-1（PARP-1）和聚(ADP-核糖)糖水解酶（PARG）是分别通过添加和去除ADP-核糖聚合物来修饰细胞核内靶蛋白的酶。尽管PARP-1在基因调控中的作用已被充分证实，但PARG的作用尚不明确。为了研究PARP-1和PARG如何协同调控基因表达的全局模式，我们使用短发夹RNA（shRNA）在MCF-7细胞中稳定敲低PARP-1或PARG，随后进行表达微阵列分析。实验总体设计：将靶向荧光素酶（Luc，对照）、PARP-1或PARG的两种shRNA克隆到pSUPER.retro载体（嘌呤霉素或新霉素抗性）中，并使用标准逆转录病毒感染技术依次导入亲本MCF-7细胞。Luc、PARP-1和PARG对照匹配的细胞系独立生成三次。实验总体设计：从稳定的Luc、PARP-1和PARG敲低细胞中分离总RNA，分析基因表达的全局模式。简言之，使用Affymetrix的标准单循环扩增和标记方案对7 μg总RNA进行标记。

标记后的cRNA随后与Affymetrix Human U133A 2.0 GeneChips杂交，并使用GeneChip Scanner 3000进行扫描。每个生物学重复（1、2或3）代表从每组细胞系中单独提取的一次RNA。实验总体设计：这9个样本是15个样本微阵列分析（GSE12971）的一部分，该分析旨在研究SIRT1、PARP-1、PARG和macroH2A对表达的调控。所有15个样本均纳入数据标准化步骤。实验总体设计：原始芯片数据通过Affymetrix GeneChip Operating Software（GCOS）处理，以获得检测判定值（ABS_CALL）和信号值（VALUE_2）。随后使用GCOS将信号按比例缩放至目标值500进行标准化。为校正因RNA提取的日间差异导致的批次效应，将经验贝叶斯方法应用于

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。