SARS-CoV-2突变谱中核衣壳蛋白生物物理特性调控的复现数据

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A4efe4240287b5ee94d745257317e0cb32ea24f663c44364c8b612b4ac409b6d2

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

遗传多样性是RNA病毒的标志性特征，也是其进化成功的基础。利用SARS-CoV-2 uniquely大型基因组数据库，我们研究了在可存活氨基酸序列谱系中的突变对高表达且多功能核衣壳蛋白生物物理表型的影响。我们发现其延展的内在无序区（IDRs）的物理化学参数变异足以允许局部可塑性，但也表现出与相关冠状病毒中类似出现的功能约束。在对携带与主要变异株相关突变的几种N蛋白种类进行的生物物理实验中，我们发现IDRs中的点突变可产生非局部影响，并调节热力学稳定性、二级结构、蛋白质寡聚状态、颗粒形成和液-液相分离。

在奥密克戎变异株中，不同IDR（内在无序区）中的远距离突变具有补偿效应，能够改变控制蛋白质组装特性的相互作用微妙平衡，并通过标志性的P13L突变在N端IDR中创建了一个新的蛋白质-蛋白质相互作用界面。由此形成的图景是：遗传多样性伴随着功能性N蛋白种类生物物理特性的显著变异，尤其是在IDR中。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。