PXD000345：节肢动物Wolbachia共生体对多西环素诱导胁迫的全局响应蛋白质组分析
细菌Wolbachia（目Rickettsiales）可能是全球最丰富的垂直传播微生物，感染节肢动物和丝虫线虫。在节肢动物中，Wolbachia可诱导生殖改变并干扰多种虫媒病原的传播
基本信息
资源简介
PXD000345：节肢动物Wolbachia共生体对多西环素诱导胁迫的全局响应蛋白质组分析
PXD000345 数据集围绕一种节肢动物 Wolbachia 共生体在多西环素诱导胁迫下的全局蛋白质组响应展开。Wolbachia 属于立克次体目，被认为是全球最丰富的垂直传播微生物之一，可感染节肢动物和丝虫线虫。在节肢动物中，它能够诱导生殖改变，并干扰多种虫媒病原的传播；同时，它也是导致淋巴丝虫病和盘尾丝虫病的丝虫寄生虫的专性共生体。以四环素类抗生素靶向 Wolbachia，可导致成虫丝虫绝育并最终死亡，但需要数周治疗，限制了该控制策略的实施。该数据集正是针对 Wolbachia 对胁迫响应研究不足、基因表达全局调控知之甚少的现状，通过体外将一种节肢动物 Wolbachia 菌株暴露于多西环素，开展蛋白质组学分析，以揭示其胁迫响应特征。数据集在站内分类为感染性疾病 / 其他，来源站为 ebi.ac.uk。
【数据集背景】
Wolbachia 在节肢动物和丝虫线虫中广泛存在，具有重要的生物学与医学意义。在节肢动物中，Wolbachia 可诱导生殖改变，并干扰多种虫媒病原的传播；在丝虫线虫中，Wolbachia 是导致淋巴丝虫病和盘尾丝虫病的寄生虫的专性共生体。以四环素类抗生素靶向 Wolbachia 可导致丝虫成虫绝育并最终死亡，但数周的治疗周期限制了该策略的实施。此前，Wolbachia 对胁迫的响应尚未被研究，关于该生物基因表达全局调控的信息也几乎空白。该数据集通过体外将一种节肢动物 Wolbachia 菌株暴露于多西环素，开展蛋白质组分析，以研究其全局响应。
【数据内容】
该数据集为蛋白质组学数据，主题标签包括 Tetracyclines、tolerance、wolbachia、lc-msms。涉及的目标生物为 Wolbachia sp. wmelpop，相关标识为 NEWT:174934。数据内容围绕多西环素诱导胁迫下节肢动物 Wolbachia 共生体的全局蛋白质组响应展开。源站描述在“We exposed an arthropod Wolbachia strain to doxycycline in vitro, and an”处中断，后续具体内容源站未提供。
【采集与来源】
数据集来源站为 ebi.ac.uk。源站描述显示，研究在体外将一种节肢动物 Wolbachia 菌株暴露于多西环素，并进行蛋白质组分析。目标生物为 Wolbachia sp. wmelpop。其余采集方法、实验条件、样本处理等细节源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究 Wolbachia 对多西环素诱导胁迫的全局蛋白质组响应，以及四环素类抗生素耐受性相关机制。鉴于 Wolbachia 在虫媒病原传播干扰和丝虫病控制中的重要性，该数据可用于探索 Wolbachia 胁迫响应与基因表达全局调控，为理解以四环素类抗生素靶向 Wolbachia 的控制策略提供蛋白质组层面的参考。其他具体应用场景源站未提供。
【使用方法】
源站未提供具体使用方法。该数据集主题标签包含 lc-msms，表明其涉及液相色谱-串联质谱蛋白质组学数据，但详细使用步骤、分析流程或操作指南源站未提供。
【质量与限制】
源站未提供质量评估信息。源站描述在“We exposed an arthropod Wolbachia strain to doxycycline in vitro, and an”处中断，因此该数据集的部分描述信息不完整。其他质量与限制信息源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供引用与许可信息。
下载信息
注册下载
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD000345
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
沃尔巴克氏体属细菌（立克次体目）可能是全球最丰富的垂直传播微生物，感染节肢动物和丝虫线虫。在节肢动物中，沃尔巴克氏体可诱导生殖改变并干扰多种节肢动物传播病原体的传播。此外，沃尔巴克氏体是导致热带地区淋巴丝虫病和盘尾丝虫病的丝虫寄生虫的专性共生体。使用四环素类抗生素靶向沃尔巴克氏体会导致成虫丝虫绝育并最终死亡。然而，需要数周治疗，限制了该控制策略的实施。迄今为止，尚未研究沃尔巴克氏体对压力的反应，且对该生物体基因表达的全局调控几乎一无所知。我们在体外将一种节肢动物沃尔巴克氏体菌株暴露于多西环素，并通过定向RNA-seq和无标记定量蛋白质组学分析差异表达。对于蛋白质组分析，使用额外过滤和Percoll梯度进一步纯化了富含沃尔巴克氏体的材料。
蛋白质通过超声处理在MS安全去垢剂中溶解，使用二硫苏糖醇还原并用碘乙酰胺烷基化。以50：1的蛋白质与胰蛋白酶比例加入蛋白质组学级胰蛋白酶，样品在37°C下孵育过夜，随后通过三氟乙酸（TFA）沉淀去除去垢剂。肽混合物使用LTQ-Orbitrap Velos（ThermoFisher Scientific）通过纳升液相色谱-串联质谱（nano LC-MSMS）进行分析。在一个对照样品中，肽通过强阴离子交换（SAX）使用市售的SAX离心过滤器（Thermo Scientific）进行分级分离。数据导入Progenesis LC-MS（Nonlinear Dynamics），运行结果使用默认设置进行时间对齐。峰由软件拾取。肽强度针对自动选择的参考运行进行归一化，七组对照与
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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