PRJNA533325：iMEF SDHC缺失稳定细胞系ATAC-seq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA533325

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们建立了一种四环素诱导型SV-40大T抗原表达慢病毒永生化小鼠胚胎成纤维细胞（iMEF）培养模型，用于研究涉及复合体II（琥珀酸脱氢酶；SDH）的线粒体电子传递链（ETC）功能障碍。在该模型中，Sdhc floxed等位基因的基因重排沉默由四环素诱导型启动子驱动的cre重组酶在多西环素依赖性表达下实现（R26M2rtTA/+;TetOcre;Sdhcfl/fl）。为便于比较，我们纳入了同基因型Sdhc wt对照细胞系（R26M2rtTA/+;TetOcre;Sdhcfl/wt），该细胞系在多西环素暴露后保留一个完整的Sdhc拷贝。在多西环素诱导两种细胞系后，采用有限稀释亚克隆法获得稳定的Sdhc -/-（SDHC KO）和Sdhc +/-（对照）细胞系。通过PCR确认了每个克隆来源细胞系的Sdhc基因重排状态。细胞系在标准DMEM中培养，培养基含有青霉素/链霉素抗生素（0.5 mg/mL）、非必需氨基酸（甘氨酸、丙氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸、谷氨酸、脯氨酸和丝氨酸各100微摩尔）、丙酮酸钠（1 mM）和HEPES缓冲液（10 mM），培养条件为21% O2和5% CO2。

在细胞系衍生并验证Sdhc基因状态后，通过ATAC-seq检测了每个细胞系中的可及染色质区域。总体设计：本数据集包含两个SDHC敲除（R26M2rtTA/+;TetOcre;Sdhc-/-）和两个对照（R26M2rtTA/+;TetOcre;Sdhc+/-）细胞系的单次重复ATAC-seq数据，这些细胞系是在多西环素诱导Sdhc基因重排后通过稀释亚克隆衍生得到的。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。