PRJNA533320：iMEF SDHC缺失稳定株 CUT&RUN
数据围绕 SDHC 缺失稳定细胞系展开，采用 CUT&RUN 技术获取染色质相关数据。可用于研究 SDHC 缺失对表观遗传修饰与基因调控的影响，并支撑感染性疾病相关机制探索（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
PRJNA533320：iMEF SDHC缺失稳定株 CUT&RUN
PRJNA533320: iMEF SDHC-loss stable line CUT&RUN 是一个围绕 SDHC 缺失稳定细胞系开展的染色质相关研究数据集，采用 CUT&RUN 技术获取表观遗传与基因调控层面的实验数据。该数据集归属于感染性疾病 / 其他分类，主题标签为 Epigenomics，来源为 NCBI。整体来看，该数据集可用于研究 SDHC 缺失对表观遗传修饰与基因调控的影响，并支撑感染性疾病相关机制的探索。其核心价值在于将特定基因缺失模型与染色质水平的高通量检测手段相结合，为理解 SDHC 功能缺失后的调控变化提供数据基础。由于该记录来自 BioProject，用户可以通过该入口进一步定位和访问与该项目相关的多种数据类型。
【数据集背景】
该数据集对应的英文名称为 PRJNA533320: iMEF SDHC-loss stable line CUT&RUN，属于 NCBI 的 BioProject 记录。BioProject 是围绕单一研究计划或项目组织生物数据的集合，通常来源于单一机构或联盟。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，以便查找该项目所产生的不同类型数据。该数据集的主题标签为 Epigenomics，本站分类为感染性疾病 / 其他，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。从名称可以看出，研究对象为 iMEF SDHC-loss stable line，即 SDHC 缺失的稳定细胞系，所采用的技术为 CUT&RUN。该数据集旨在围绕 SDHC 缺失这一条件，获取染色质相关数据，从而为后续表观遗传与基因调控研究提供支持。
【数据内容】
该数据集的核心内容是针对 SDHC 缺失稳定细胞系开展 CUT&RUN 实验所获得的染色质相关数据。CUT&RUN 是一种用于检测染色质结合状态的技术，适用于表观遗传修饰与基因调控研究。数据集的主题标签为 Epigenomics，表明其数据内容与表观遗传学相关。围绕 SDHC 缺失稳定细胞系，该数据集可用于研究 SDHC 缺失对表观遗传修饰与基因调控的影响。关于具体样本数量、测序深度、数据文件格式、基因组版本、抗体信息、重复次数等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 BioProject - NCBI。其记录形式为 BioProject，BioProject 是收集与单一研究计划相关的生物数据的集合，来源于单一机构或联盟，并为用户提供查找该项目所生成的不同类型数据的统一入口。该数据集对应的英文名称为 PRJNA533320: iMEF SDHC-loss stable line CUT&RUN。关于具体实验机构、研究者、样本采集地点、细胞培养条件、实验操作流程等细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究 SDHC 缺失对表观遗传修饰与基因调控的影响，并可支撑感染性疾病相关机制探索。由于主题标签为 Epigenomics，其潜在应用场景包括染色质状态分析、表观遗传修饰变化研究以及基因调控机制探索。该数据集采用 CUT&RUN 技术，适合在 SDHC 缺失稳定细胞系背景下获取染色质相关数据，并与其他类型的数据进行整合分析。关于该数据集是否适用于特定疾病模型、特定组织类型或特定下游分析流程，源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI 的 BioProject 记录进行访问。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，以便查找与该项目相关的不同类型数据。用户可根据 PRJNA533320 这一项目编号在 NCBI 中定位该数据集，并进一步获取与 iMEF SDHC-loss stable line CUT&RUN 相关的数据。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程、软件参数、参考基因组及预处理步骤，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 记录，属于围绕单一研究计划组织的生物数据集合。其主题标签为 Epigenomics，本站分类为感染性疾病 / 其他。关于数据质量评估、测序质量、重复性、批次效应、覆盖度、信噪比等具体指标，源站未提供。该数据集仅围绕 SDHC 缺失稳定细胞系展开，采用 CUT&RUN 技术，因此其适用范围可能受限于该细胞模型与实验设计。关于该数据集是否经过同行评议、是否包含对照样本、是否具有生物学重复等，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 BioProject - NCBI。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制、数据共享政策及版权信息，源站未提供。用户在使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 记录中的相关说明，并遵循来源站点的通用使用条款。由于该记录为 BioProject 形式，建议用户通过项目编号 PRJNA533320 查找与该计划相关的数据并确认具体的引用要求。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA533320
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们建立了一种四环素诱导型SV-40大T抗原表达慢病毒永生化小鼠胚胎成纤维细胞（iMEF）培养模型，用于研究涉及复合体II（琥珀酸脱氢酶；SDH）的线粒体电子传递链（ETC）功能障碍。在该模型中，Sdhc floxed等位基因的基因重排沉默由四环素诱导型启动子驱动的cre重组酶在多西环素依赖性表达下实现（R26M2rtTA/+;TetOcre;Sdhcfl/fl）。为便于比较，我们纳入了同基因型Sdhc wt对照细胞系（R26M2rtTA/+;TetOcre;Sdhcfl/wt），该细胞系在多西环素暴露后保留一个完整的Sdhc拷贝。在多西环素诱导两种细胞系后，采用有限稀释亚克隆法获得稳定的Sdhc -/-（SDHC KO）和Sdhc +/-（对照）细胞系。通过PCR确认了每个克隆来源细胞系的Sdhc基因重排状态。细胞系在标准DMEM中培养，培养基含有青霉素/链霉素抗生素（0.5 mg/mL）、非必需氨基酸（甘氨酸、丙氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸、谷氨酸、脯氨酸和丝氨酸各100微摩尔）、丙酮酸钠（1 mM）和HEPES缓冲液（10 mM），培养条件为21% O2和5% CO2。
在细胞系衍生并验证Sdhc基因状态后，通过CUT&RUN对包括H3K4me3、H3K27me2、H3K27ac、CTCF、乙酰赖氨酸、丙酰赖氨酸和丁酰赖氨酸在内的染色质表观基因组标记进行了表征。总体设计：本数据集包含两个SDHC KO（R26M2rtTA/+;TetOcre;Sdhc-/-）和两个对照（R26M2rtTA/+;TetOcre;Sdhc+/-）细胞系的生物学重复CUT&RUN数据，这些细胞系是通过在强力霉素诱导Sdhc基因重排后经稀释亚克隆衍生得到的。对于每个细胞系，通过CUT&RUN对包括H3K4me3、H3K27me2、H3K27ac、CTCF、乙酰赖氨酸、丙酰赖氨酸和丁酰赖氨酸在内的表观基因组标记进行了表征。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
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