PRJNA186823：坏疽性口炎患者牙龈病变微生物群的微阵列分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA186823

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们采用针对16S rRNA基因的系统发育低密度微阵列，对急性坏疽性口炎和急性坏死性龈炎病变的牙龈菌群进行特征分析，并将其与相同地理和社会背景的健康对照受试者进行比较。收集了多种类型的样本（列特征）；来自同一医院无口腔感染的患者（H）、匹配的对照人群（T）、患有龈炎的患者（Gengivitis）、患有坏疽性口炎的患者（noma）、接受抗菌药物治疗的坏疽性口炎患者（N-ATB）。从患者两侧采集的样本（列描述）；口腔的健康侧或病变侧。所有对照均与特定患者匹配（见患者类别和编号列）。总体设计：我们设计了代表339种不同系统型的低密度16S rDNA阵列。我们采用总体丰度1%的任意截断值，从该数据集中选择最丰富的序列用于探针设计。

使用该截断值，对132条最丰富的16S rRNA基因序列进行了扫描，以寻找符合特定理化性质的探针（Tm = 65±5°C；探针长度 = 23–50 nt；发夹结构 < -5.0 kcal/mol；自身二聚体 < -8.0 kcal/mol；二核苷酸重复短于5 bp），所用软件为商业软件（Array Designer TM 2.0，由Premier Biosoft公司开发）。这335条寡核苷酸探针通过带有游离伯胺的C6连接臂合成（Sigma-Aldrich公司），并点样于ArrayStrips微阵列上（Clondiag GmbH，德国耶拿）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。