PRJNA1528658：匈牙利北部24株鸡源共生大肠杆菌全基因组测序
该数据集为NCBI BioProject PRJNA1528658，包含2022至2023年从匈牙利北部商业鸡群中分离的24株共生Escherichia coli的全基因组组装序列
基本信息
资源简介
PRJNA1528658：匈牙利北部24株鸡源共生大肠杆菌全基因组测序
PRJNA1528658 是 NCBI BioProject 收录的一个全基因组测序项目，聚焦于鸡源共生大肠杆菌（Escherichia coli）的基因组解析。该项目对 2022 至 2023 年间从匈牙利北部商业鸡群中分离的 24 株共生大肠杆菌进行了全基因组组装，分离样本来自常规兽医气管与泄殖腔采样。项目属于区域性抗菌药物耐药监测工作的一部分，其基因组数据旨在刻画耐药相关遗传决定因素，并支持与表型最小抑菌浓度（MIC）数据的整合比较。数据集在站内归入“感染 / 其他”分类，主题标签为 Genome sequencing，整体规模适中，适合作为家禽源共生菌基因组与耐药特征研究的参考数据。
【数据集背景】
该项目来源于一项区域性抗菌药物耐药监测研究，研究对象为商业鸡群中的共生大肠杆菌。共生大肠杆菌常作为耐药基因储存库与传播指示菌，对其开展全基因组测序有助于在遗传层面识别耐药相关决定因素。项目以 2022 至 2023 年匈牙利北部商业鸡群为采样背景，通过常规兽医气管和泄殖腔采样获得分离株，并进一步完成全基因组组装，形成面向耐药遗传特征分析与表型数据对照的基因组数据集。
【数据内容】
数据集的核心内容为 24 株鸡源共生大肠杆菌的全基因组组装序列。这些组装结果以 BioProject 形式组织，项目英文名称明确指向“24 chicken-associated commensal Escherichia coli isolates from Northern Hungary”的全基因组测序。除全基因组组装外，源站描述还说明该基因组数据用于表征抗菌药物耐药相关遗传决定因素，并支持与表型最小抑菌浓度数据的整合比较。关于组装的具体测序平台、组装软件、基因组大小、覆盖度等细节，源站未提供。
【采集与来源】
分离株采集自匈牙利北部的商业鸡群，时间范围为 2022 年至 2023 年。样本来源于常规兽医气管采样与泄殖腔采样，属于鸡群常规监测流程的一部分。分离株为共生大肠杆菌，而非特定致病型别。采样与分离工作依托区域性抗菌药物耐药监测研究开展，地理范围限定于匈牙利北部。关于具体鸡场数量、采样频次、样本量分布等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于以下方向：鸡源共生大肠杆菌的基因组特征描述；抗菌药物耐药相关遗传决定因素的识别与注释；基因组数据与表型最小抑菌浓度数据的整合比较分析；区域性家禽源细菌耐药监测的参考数据；以及与其他来源大肠杆菌基因组开展的比较基因组学研究。由于数据聚焦共生菌而非致病菌，也可用于探讨共生菌群在耐药基因储存与潜在传播中的作用。具体分析场景的适用性仍需结合数据实际内容判断。
【使用方法】
使用者可通过 NCBI BioProject 编号 PRJNA1528658 访问该项目及其关联的全基因组组装数据。典型使用流程包括：获取组装序列，开展耐药基因与可移动遗传元件的注释与筛查，并将注释结果与项目所对应的表型最小抑菌浓度数据进行对照分析。若需开展比较分析，可将本项目的 24 株分离株与其他鸡源或非鸡源大肠杆菌基因组进行联合分析。关于数据下载的具体文件列表、组装版本及配套元数据字段，源站未提供。
【质量与限制】
该项目为 BioProject 层面的全基因组测序与组装数据，样本量明确为 24 株，地理范围限于匈牙利北部，时间范围为 2022 至 2023 年，因此在外推至其他地区或其他宿主时需谨慎。数据以共生大肠杆菌为对象，不涵盖致病型别。关于组装质量指标（如 N50、完整度、污染评估）、测序深度及是否包含原始读长数据，源站未提供。表型最小抑菌浓度数据的具体内容与配套情况，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 PRJNA1528658。关于具体的引用文献、数据使用许可条款及再分发限制，源站未提供。使用者在引用或再利用数据前，应自行查阅项目页面及相关记录以确认引用方式与许可要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1528658
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该BioProject包含24株共生大肠杆菌分离株的全基因组组装，这些菌株于2022年和2023年从匈牙利北部的商业鸡群中分离获得，属于一项区域性抗菌药物耐药性监测研究的一部分。分离株来源于常规兽医气管和泄殖腔采样。该基因组数据集旨在表征抗菌药物耐药相关遗传决定因素，并支持与表型最低抑菌浓度数据的整合比较。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
