基本信息

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创建/更新时间

2026-10-22

资源简介

孟加拉国街头甘蔗汁中分离的耐药大肠杆菌基因组项目

PRJNA1526463 是 NCBI 上的一个 BioProject，全称为“Antimicrobial-Resistant Escherichia coli Isolated from Street-Vended Sugarcane Juice in Bangladesh”，即孟加拉国街头售卖甘蔗汁中分离的耐药性大肠杆菌。该项目围绕即饮型街头饮料中大肠杆菌污染的食品安全意义展开，重点在于将表型抗菌药物敏感性结果与基因组层面的耐药决定因子进行关联分析。所获得的数据集为耐药性食源性细菌研究提供支持，并为孟加拉国街头售卖饮料来源的大肠杆菌 ST189 补充基因组信息。数据集以基因组测序为主题标签，在分类上归入感染性疾病相关方向，可通过 ncbi.nlm.nih.gov 获取。

【数据集背景】

该数据集关注的是街头售卖甘蔗汁这一即饮型饮料的食品安全问题。街头食品和饮料在加工、储存与销售环节中可能存在微生物污染风险，而大肠杆菌是评价食品卫生状况的重要指示菌之一。本项目的研究目标是对即饮型饮料中大肠杆菌污染的食品安全意义进行调查，具体做法是把分离菌株的表型抗菌药物敏感性特征与基因组中的耐药决定因子进行对应分析，从而在表型和基因型两个层面理解耐药性的表现与遗传基础。项目所获得的数据集面向耐药性食源性细菌研究，并为孟加拉国街头售卖饮料来源的大肠杆菌 ST189 提供基因组信息。

【数据内容】

数据集的主题标签为基因组测序，说明其核心内容是针对分离菌株的基因组测序数据。结合项目描述，数据内容涉及从孟加拉国街头售卖甘蔗汁中分离的耐药性大肠杆菌，并包含与抗菌药物敏感性相关的表型信息以及基因组耐药决定因子信息，用于开展表型与基因型的关联分析。关于测序平台、样本数量、组装统计指标、耐药基因具体名录等细节，源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI 的 BioProject，编号为 PRJNA1526463，来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov。项目所涉及的生物材料为孟加拉国街头售卖甘蔗汁中分离的大肠杆菌，研究背景为即饮型饮料的食品安全调查。关于采样地点、采样时间、采样数量、分离与鉴定流程等具体信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于食源性细菌耐药性研究，尤其是将表型抗菌药物敏感性与基因组耐药决定因子进行关联分析的场景；也适用于街头售卖饮料及即饮型饮料的食品安全相关研究，以及大肠杆菌 ST189 的基因组信息参考。对于需要了解孟加拉国街头食品来源耐药菌基因组背景的研究工作，该数据集具有参考价值。关于其在临床诊疗、公共卫生监测或药物研发中的具体应用方式，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI 的 BioProject 页面获取，编号为 PRJNA1526463。使用者可依据项目描述了解研究目标与数据范围，并结合基因组测序数据开展耐药决定因子分析与表型关联研究。关于数据下载的具体文件列表、格式说明、分析流程与软件参数等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于 NCBI BioProject 发布，项目描述明确了研究目标与数据定位。关于数据质量评估指标、测序深度、组装完整性与污染控制等信息，源站未提供。数据集聚焦于孟加拉国街头售卖甘蔗汁来源的大肠杆菌，其结论外推到其他地区、其他饮料类型或其他菌种时需谨慎。关于样本量与统计效力等信息，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI 的 BioProject PRJNA1526463，使用时应遵循 NCBI 的相关数据使用与引用规范，并引用该项目及其关联出版物。关于具体的许可条款、引用格式与关联文献信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1526463

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1526463

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该生物项目的目的是调查即饮饮料中大肠杆菌污染的食品安全意义，具体涉及表型抗菌药物敏感性与基因组耐药决定因素之间的相关性。所获得的数据集为抗菌药物耐药性食源性细菌提供了支持，并为孟加拉国街头售卖饮料中大肠杆菌ST189提供了基因组信息。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别