PRJNA1481667:甲型流感病毒PR8感染人A549细胞的m6A表观转录组芯片数据集
该数据集来自NCBI,利用甲基化RNA免疫沉淀结合双色杂交的Arraystar Human mRNA&lncRNA Epitranscriptomic Microarray(8x60K),对模拟感染或PR8甲型流感病毒感染24小时(MOI 0.5)的人A549细胞进行m6A表观转录组分析,每种条件设

基本信息
资源简介
PRJNA1481667:甲型流感病毒PR8感染人A549细胞的m6A表观转录组芯片数据集
PRJNA1481667 是一个关于甲型流感病毒感染宿主细胞后 m6A 表观转录组变化的数据集,来源于 NCBI。该数据集以人 A549 细胞为研究对象,比较模拟感染与 PR8 甲型流感病毒感染 24 小时(MOI 0.5)条件下的 m6A 修饰图谱,采用甲基化 RNA 免疫沉淀结合双色杂交,在 Arraystar Human mRNA&lncRNA Epitranscriptomic Microarray(8x60K)平台上完成检测,每种条件设置三个生物学重复。该数据集属于感染性疾病领域的其他类数据,主题标签为 Other,可为研究流感病毒感染过程中宿主 m6A 表观转录组重塑提供公开可用的转录组范围图谱资源。
【数据集背景】
N6-甲基腺苷(m6A)是一种重要的 RNA 修饰,能够塑造宿主对病毒感染的应答。然而,关于甲型流感病毒如何重塑宿主 m6A 景观的公开可用的转录组范围图谱仍然稀缺。该数据集正是针对这一缺口而产生,旨在提供甲型流感病毒感染条件下宿主细胞 m6A 表观转录组的全局视图,帮助研究者理解病毒感染与 RNA 修饰之间的相互关系。
【数据内容】
该数据集对人类 A549 细胞在模拟感染或 PR8 甲型流感病毒感染条件下的 m6A 表观转录组进行了分析。实验条件为感染 24 小时、MOI 0.5,每种条件设置三个生物学重复。检测平台为 Arraystar Human mRNA&lncRNA Epitranscriptomic Microarray(8x60K),采用甲基化 RNA 免疫沉淀结合双色杂交的策略,覆盖 mRNA 与 lncRNA 的 m6A 修饰信息。数据集所属分类为感染性疾病 / 其他,主题标签为 Other。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov。样本为人 A549 细胞,分别处于模拟感染或 PR8 甲型流感病毒感染状态,感染时间为 24 小时,MOI 为 0.5,每种条件三个生物学重复。检测方法为甲基化 RNA 免疫沉淀结合双色杂交,芯片平台为 Arraystar Human mRNA&lncRNA Epitranscriptomic Microarray(8x60K)。其余采集相关的实验细节源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究甲型流感病毒感染后宿主细胞 m6A 修饰变化的相关分析,可用于比较模拟感染与 PR8 感染条件下 mRNA 和 lncRNA 的 m6A 表观转录组差异,支持对病毒感染重塑宿主 RNA 修饰景观的探索。其分类归属为感染性疾病 / 其他,也可作为感染性疾病背景下表观转录组研究的参考数据。
【使用方法】
该数据集可通过 ncbi.nlm.nih.gov 获取。使用时可依据模拟感染与 PR8 感染两组、每组三个生物学重复的设计进行组间比较,结合 mRNA 与 lncRNA 的 m6A 检测信息开展差异修饰分析。具体的数据下载格式、处理流程与分析工具源站未提供。
【质量与限制】
该数据集每种条件设置三个生物学重复,采用 8x60K 芯片平台进行检测。其余关于数据质量评估、批次效应、验证实验及覆盖范围等方面的信息源站未提供。使用时应结合具体研究目的谨慎解释结果。
【引用与许可】
该数据集的引用方式与许可信息源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1481667
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
N6-甲基腺苷(m6A)塑造宿主对病毒感染的应答,但关于甲型流感病毒如何重塑宿主m6A景观的公开可用的全转录组图谱仍然稀缺。我们采用甲基化RNA免疫沉淀结合双色杂交技术,在Arraystar Human mRNA&lncRNA Epitranscriptomic Microarray(8x60K)上,对模拟感染或PR8感染24小时、MOI为0.5的人A549细胞进行了分析,每种条件设三个生物学重复。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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