NK细胞治疗后HIV感染人源化小鼠的条形码与整合位点测序
该数据集来自NCBI，包含经D1D2-CAR NK细胞、GFP对照NK细胞或PBS处理的人源化NSG小鼠在分析性治疗中断后采集组织的基因组DNA测序数据，同时测量HIV条形码谱系和原病毒DNA整合位点
基本信息
资源简介
NK细胞治疗后HIV感染人源化小鼠的条形码与整合位点测序
PRJNA1478494 数据集收录于 NCBI，主题为感染性疾病领域的其他类数据。该数据集围绕接受 NK 细胞治疗的人源化小鼠展开，整合了 HIV 条形码谱系测序与原病毒 DNA 整合位点测序两类读数。研究背景是抗逆转录病毒治疗（ART）下潜伏感染细胞持续存在，治疗中断后驱动病毒反弹。实验中，感染条形码标记的 CCR5 嗜性 HIV 的人源化 NSG 小鼠先经 ART 抑制病毒，再分别输注表达截短 CD4 嵌合抗原受体（D1D2-CAR）的异体人原代 NK 细胞、表达 GFP 的对照 NK 细胞或 PBS 载体，随后进行分析性治疗中断（ATI），反弹后采集组织，以基因组 DNA 构建文库，同时测量 HIV 条形码谱系与原病毒整合位点，用于比较克隆组成、谱系多样性、器官间谱系共享及器官内克隆扩增。
【数据集背景】
潜伏感染细胞在抗逆转录病毒治疗期间持续存在，是治疗中断后病毒反弹的主要来源。理解能够驱动反弹的 HIV 储存库的组成，对于评估旨在清除或控制储存库的免疫治疗策略具有重要意义。该研究采用人源化小鼠模型，结合条形码标记的病毒与整合位点测序，考察靶向 HIV Env CD4 结合位点的 D1D2-CAR NK 细胞过继转移对反弹后储存库克隆结构的影响，为在体内环境中比较不同处理组的储存库特征提供数据基础。
【数据内容】
数据集包含在分析性治疗中断后从人源化 NSG 小鼠采集组织、提取基因组 DNA 后构建的测序文库数据。文库同时测量两类信息：一是 HIV 条形码谱系，用于追踪感染克隆的谱系归属与多样性；二是原病毒 DNA 的整合位点，用于刻画整合位点在宿主基因组中的分布及克隆扩增情况。数据覆盖三种处理条件：D1D2-CAR NK 细胞组、GFP 表达对照 NK 细胞组和 PBS 载体组。基于这些读数，数据集支持对克隆组成、谱系多样性、器官间谱系共享以及器官内克隆扩增进行比较分析。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。实验对象为感染条形码标记的 CCR5 嗜性 HIV 的人源化 NSG 小鼠，经 ART 抑制后分别接受 D1D2-CAR NK 细胞、GFP 对照 NK 细胞或 PBS 输注，随后进行分析性治疗中断，在病毒反弹后采集组织样本。样本经基因组 DNA 提取并构建测序文库，用于条形码谱系和整合位点检测。除上述来源与实验流程信息外，样本数量、组织类型明细、测序平台与读长等具体技术参数源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究 HIV 储存库在治疗中断后反弹的克隆结构，包括比较不同 NK 细胞处理对克隆组成和谱系多样性的影响；也适用于分析病毒整合位点在器官间的共享模式与器官内的克隆扩增特征。对于关注 CAR NK 细胞等免疫干预手段对潜伏储存库影响的研究者，该数据可作为反弹后储存库组成的参考数据资源。此外，其条形码谱系与整合位点联合测量的设计，适合用于方法学上对克隆追踪与整合位点分析相结合的研究场景。
【使用方法】
使用时可依据处理组（D1D2-CAR NK 细胞、GFP 对照 NK 细胞、PBS）对样本进行分组，分别提取条形码谱系读数与整合位点读数，进而计算克隆组成、谱系多样性、器官间谱系共享和器官内克隆扩增等指标，并在组间进行比较。由于源站未提供具体的文件格式、分析流程与参考基因组版本等信息，实际分析前需依据数据文件中的说明确认数据处理细节。
【质量与限制】
该数据集基于人源化小鼠模型，其结果向人类临床情境的外推需谨慎。源站未提供样本量、测序深度、重复数及质量控制指标等详细信息，相关质量评估需以数据文件中的实际记录为准。此外，源站未提供数据许可与使用限制的具体条款。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1478494
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
潜伏感染的细胞在抗逆转录病毒治疗（ART）期间持续存在，并在治疗中断后驱动病毒反弹。本研究分析了在人源化小鼠中，过继转移经改造表达截短型CD4嵌合抗原受体（D1D2-CAR）的同种异体人原代NK细胞后，具有反弹能力的HIV储存库的组成；该CAR靶向HIV Env上的CD4结合位点。感染了条形码标记的CCR5嗜性HIV的人源化NSG小鼠经ART抑制后，在分析性治疗中断（ATI）前分别输注D1D2-CAR NK细胞、表达GFP的对照NK细胞或PBS溶媒。反弹后收集组织，并利用基因组DNA构建文库，以检测HIV条形码谱系和前病毒DNA中的整合位点。该数据集支持在三个治疗组之间以及各组织之间比较克隆组成、谱系多样性、器官间谱系共享、器官内克隆扩增以及整合位点染色质背景。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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