NASA洁净室与临床环境Acinetobacter lwoffii基因组适应数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1473696

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

洛菲不动杆菌是一种在环境中广泛分布、与人类相关的物种，可导致机会性感染，并能获得具有临床意义的重耐药决定因子。本研究开展了比较基因组学和表型特征分析，重点关注四株洛菲不动杆菌分离株：其中三株分离自NASA马歇尔太空飞行中心的洁净室，另一株为产碳青霉烯酶临床分离株，分离自爱尔兰一次常规直肠拭子。我们将这些分离株与NCBI公开的、经过质量过滤的洛菲不动杆菌基因组（n=105）进行背景比对，以评估种群结构、重耐药基因、毒力相关位点、质粒内容及应激相关基因组特征。分析数据集揭示了四个基因组谱系，具有广泛的地理和来源代表性。MSFC洁净室分离株分布于两个谱系中，表明存在多次引入或洁净室相关种群本身具有多样性，而非简单的局部克隆扩增。

爱尔兰临床分离株属于L4谱系，携带质粒相关的blaNDM-1，与对头孢他啶（>32 mg/L）、美罗培南（8 mg/L）和亚胺培南（>4 mg/L）的表型耐药一致。相比之下，三株洁净室分离株表现出有限的表型抗菌药物耐药性，但编码保守的应激反应系统，包括DNA修复、氧化应激防御、伴侣蛋白和蛋白酶相关基因。洁净室分离株在联合暴露于干燥、真空、质子辐照和紫外线后仍保持存活，支持其在测试条件下耐受空间相关环境应激源的能力。比较基因组和表型分析揭示了鲁氏不动杆菌在清洁、低营养环境中持续存在、耐受空间相关应激以及获得临床重要抗菌药物耐药决定因素的能力。这些发现凸显了其与未来封闭式NASA栖息地的潜在相关性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。