临床患者分离的毛霉目菌株二代测序原始数据
该数据集为从一名临床患者分离的毛霉目菌株的二代测序原始数据，来源于ncbi.nlm.nih.gov。源站描述显示，菌株取自一名55岁免疫功能正常男性，其在工业事故中右小腿严重挤压伤并伴大量土壤污染，临床表现为快速进展的坏死性感染、脓毒性休克和血管侵袭
基本信息
资源简介
临床患者分离的毛霉目菌株二代测序原始数据
PRJNA1423222 收录了一株分离自临床患者的毛霉目真菌的二代测序原始数据，来源为 ncbi.nlm.nih.gov，归类于感染性疾病 / 其他。源站描述显示，该菌株为从一名 55 岁免疫功能正常男性患者清创组织中获得的 Mucor circinelloides 分离株；该患者在工业事故中右小腿遭受严重挤压伤并伴大量土壤污染，临床表现为快速进展的坏死性感染、脓毒性休克，并经影像学与组织病理学证据确认存在血管侵袭。项目采用下一代测序开展全基因组测序，以支持准确的物种鉴定、系统发育特征刻画及基因组分析，服务于这一具有临床重要性的血管侵袭性真菌病原体的基因组特征、毒力决定因素与系统发育等研究。
【数据集背景】
毛霉目真菌可引起侵袭性毛霉病，血管侵袭和坏死性软组织感染是其重要临床特征。本数据集所对应的菌株来自一例创伤后皮肤毛霉病病例，该病例并发血管侵袭和坏死性软组织感染。患者为 55 岁免疫功能正常男性，在工业事故中发生右小腿严重挤压伤，伤口伴大量土壤污染。源站描述指出，其临床过程包括快速进展的坏死性感染、脓毒性休克，以及经影像学和组织病理学证据确认的血管侵袭。该项目的设立旨在通过全基因组测序实现该临床分离株的准确物种鉴定、系统发育特征刻画和基因组分析。
【数据内容】
本数据集为上述毛霉目菌株的二代测序原始数据，主题标签为 Genome sequencing。源站描述说明，项目包含该 Mucor circinelloides 分离株的全基因组测序数据，测序采用下一代测序技术。数据可用于物种鉴定、系统发育特征刻画以及基因组分析，并支持针对该血管侵袭性真菌病原体的基因组特征、毒力决定因素和系统发育等方面的研究。除上述范围性描述外，源站未提供关于数据文件数量、数据量大小、读长、测序平台型号、覆盖度等具体技术参数。
【采集与来源】
菌株分离自一名临床患者的清创组织。该患者为 55 岁免疫功能正常男性，因工业事故导致右小腿严重挤压伤，伤口有大量土壤污染。源站描述记载的临床表现为快速进展的坏死性感染、脓毒性休克和血管侵袭，其中血管侵袭由影像学与组织病理学证据确认。数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。除上述信息外，源站未提供样本采集时间、采集地点、分离培养条件、伦理审批及知情同意等具体信息。
【适用场景】
基于源站描述，本数据集适用于以下方向：对该临床分离株进行准确的物种鉴定；开展系统发育特征刻画与基因组分析；研究该血管侵袭性真菌病原体的基因组特征、毒力决定因素和系统发育关系。由于数据为二代测序原始数据，亦可作为真菌基因组组装、注释及比较基因组研究的输入材料。源站未提供关于临床诊断、流行病学调查或药物敏感性分析等具体应用场景的说明。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明，包括数据处理流程、组装与注释软件、质量控制参数及分析步骤等。使用者需依据二代测序原始数据的通用处理规范自行设计分析流程；源站未提供针对本数据集的专门操作指南。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量指标、测序深度、覆盖度、污染评估或数据验证结果的信息。本数据集为单株临床分离株的测序原始数据，源站描述未说明其是否包含对照样本、重复测序或配套的组装注释结果。使用时应结合源站页面获取最新信息。源站未提供其他限制说明。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可条款信息。使用本数据集前，应访问 ncbi.nlm.nih.gov 上对应的项目页面，核实引用要求与数据使用政策。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1423222
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本项目包含一株从创伤后皮肤毛霉病患者的分离株（该患者病情并发血管侵袭和坏死性软组织感染）的全基因组测序数据。该菌株取自一名55岁免疫功能正常男性的清创组织，该患者在工业事故中右小腿遭受严重挤压伤并伴有大量土壤污染。临床表现包括快速进展的坏死性感染、感染性休克，以及经影像学和组织病理学证据证实的血管侵袭。采用下一代测序技术进行全基因组测序，以实现对该临床重要血管侵袭性真菌病原体的准确物种鉴定、系统发育特征描述和基因组分析。该数据集可支持对与创伤相关毛霉病相关的临床卷枝毛霉分离株的基因组特征、毒力决定因素及系统发育关系的研究。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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