基本信息

模态

基因组

创建/更新时间

2026-10-21

资源简介

PRJNA1418999：粪肠球菌菌株MICB25 | 分离株：伤口感染基因组测序

PRJNA1418999 是来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的一个 BioProject，收录了一株耐万古霉素粪肠球菌（Enterococcus faecium）菌株 MICB25 的全基因组序列。该菌株分离自突尼斯一家三级医院患者的伤口感染，表现出多重耐药特征，携带与万古霉素耐药相关的基因，以及其他的抗菌药物耐药决定因子、毒力因子和可移动遗传元件。测序采用 Illumina NovaSeq 平台完成，基因组经标准的生物信息学流程组装和注释。该数据集可支撑临床场景中抗菌药物耐药粪肠球菌的比较基因组学、分子流行病学与监测研究，本站将其归入感染性疾病 / 其他分类，主题标签为 Genome sequencing。

【数据集背景】

粪肠球菌是临床感染中常见的革兰阳性球菌，万古霉素耐药粪肠球菌的出现给医院感染防控和抗感染治疗带来挑战。该 BioProject 聚焦于一株从临床伤口感染中分离的耐万古霉素粪肠球菌菌株 MICB25，其分离地点为突尼斯一家三级医院。源站描述指出，该分离株具有多重耐药表型，并携带万古霉素耐药相关基因、其他抗菌药物耐药决定因子、毒力因子及可移动遗传元件。这些特征使该菌株成为研究耐药机制传播和临床耐药菌演化的具体材料。数据集的建立旨在为比较基因组学、分子流行病学以及临床环境中抗菌药物耐药粪肠球菌的监测提供基因组层面的支持。

【数据内容】

该数据集的核心内容是菌株 MICB25 的全基因组序列。源站描述说明，测序在 Illumina NovaSeq 平台上完成，随后通过标准的生物信息学流程对基因组进行了组装和注释。除序列本身外，源站描述还提及该菌株携带万古霉素耐药相关基因、其他抗菌药物耐药决定因子、毒力因子和可移动遗传元件，这些信息构成了基因组注释与后续分析所关注的内容。关于基因组的具体大小、组装水平（如 contig 或 scaffold 数量）、注释基因数目、耐药基因的具体名称与序列登录号等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该菌株分离自一名患者的伤口感染，该患者就诊于突尼斯的一家三级医院。菌株名称为 Enterococcus faecium strain MICB25，分离来源标记为伤口感染。数据经 BioProject 形式发布，来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov，本站分类归入感染性疾病 / 其他。关于患者的年龄、性别、基础疾病、采样具体时间、样本处理与菌株保藏方式等信息，源站未提供。

【适用场景】

依据源站描述，该数据集可支持以下方向：临床抗菌药物耐药粪肠球菌的比较基因组学研究，用于在基因组层面比较不同菌株间的耐药与毒力特征；分子流行病学分析，用于考察耐药菌株的型别与传播关系；以及临床环境中抗菌药物耐药粪肠球菌的监测工作。由于菌株具有多重耐药、万古霉素耐药基因、毒力因子和可移动遗传元件等特征，其基因组序列也可作为研究耐药决定因子与可移动遗传元件关联的具体案例。关于该数据在具体研究项目中的实际应用情况，源站未提供。

【使用方法】

源站描述仅说明测序在 Illumina NovaSeq 平台完成，基因组经标准生物信息学流程组装和注释，未给出具体流程名称、软件版本、参数设置或分析步骤。因此，使用该数据时可按常规细菌全基因组分析思路，基于公开的组装与注释结果开展基因预测、耐药基因与毒力因子检索、可移动遗传元件识别及比较基因组分析；具体操作细节与推荐流程源站未提供。数据下载方式与文件组织格式亦未在源站描述中说明。

【质量与限制】

该数据集基于 Illumina NovaSeq 平台测序，并经过组装和注释，源站描述未提供测序深度、基因组覆盖度、组装完整性指标（如 N50）、注释完整度评估或质量控制结果等信息。由于仅提及单一平台测序，未说明是否采用其他技术进行补洞或验证，相关质量信息源站未提供。此外，该数据集仅包含一株菌株的基因组，样本量有限，将其用于群体推断时需注意这一限制；关于该菌株代表性方面的说明，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集发布在 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 下，编号为 PRJNA1418999。关于数据的具体引用方式、作者列表、发表文献以及使用许可条款，源站未提供。使用者在引用或再利用该数据前，应自行查阅该 BioProject 页面获取最新的引用与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1418999

访问原始数据

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付，我们提供全链路闭环服务，让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持？联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1418999

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该BioProject包含一株耐万古霉素屎肠球菌的全基因组序列，该菌株分离自突尼斯一家三级医院一名患者的伤口感染。该分离株表现出多重耐药性，并携带与万古霉素耐药相关的基因、其他抗菌药物耐药决定因子、毒力因子和可移动遗传元件。测序使用Illumina NovaSeq平台进行，基因组采用标准生物信息学流程进行组装和注释。该数据集支持临床环境中耐药屎肠球菌的比较基因组学、分子流行病学和监测研究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别