PRJNA136725：人总初始与YFV-17D特异性CD8 T细胞的微阵列分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA136725

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

CD8 T细胞在针对胞内病原体的适应性免疫中发挥重要作用。尚未接触过抗原的初始CD8 T细胞可通过其独特的表型加以识别。遇到抗原后，它们迅速增殖并经历大规模重编程，分化为细胞毒性T淋巴细胞。黄热病活病毒疫苗（YF-17D）提供了一个可用于追踪该反应的原发性急性病毒感染模型。在此，我们表征了九名健康成年人中静息、未活化的初始CD8 T细胞，以及同一批供体在接种YF-17D疫苗后效应期（接种后2周）和记忆期（5-8个月后）所产生的YF特异性CD8 T细胞。总体设计：该数据集包含3组样本，均依据经IRB批准的方案并在志愿者知情同意后获取。本研究中的供体接种了黄热病疫苗（皮下，单次免疫），全血采集于CPT管中，分离总外周血单个核细胞（PBMC），并将其作为基于流式细胞术分离CD8 T细胞群体的来源。

第一组样本来自九名健康成人，在接种疫苗前分选初始CD8 T细胞（以其CD45RA+ CCR7+ CD3+ CD8+表型鉴定），并在接种疫苗2周后使用FACS vantage分选仪分选效应CD8 T细胞（HLA-DR+CD38+ CD3+CD8+ T细胞）。在第二组中，招募了4名供者，初始CD8 T细胞如前所述分离，而效应CD8 T细胞则在接种疫苗2周后使用HLA-A2限制性NS4B-214四聚体分离。从分选的细胞中提取总RNA，并用于Affymetrix Human Genome U133 plus 2.0芯片的微阵列分析。在第三组中，疫苗接种前样本如前所述获得，而分选的四聚体特异性样本则在记忆阶段获得，即YF-17D疫苗接种后5至80个月。所有四聚体特异性分选均使用

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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