PRJNA1337287：E660攻毒后dGY淋巴结空间转录组分析
该数据集来自NCBI，为猪尾猕猴接种dGY SIV疫苗后经静脉攻毒高致病性SIVsmE660的淋巴结空间转录组测序数据。样本按既往dGY感染时间分为短期（30周）、中期（2年）和长期（超过5年）控制组，并设5只naive动物对照，包含MA23和M18两只疫苗阶段动物
基本信息
资源简介
PRJNA1337287：E660攻毒后dGY淋巴结空间转录组分析
PRJNA1337287 是一项来自 NCBI 的空间转录组学研究数据集，聚焦于猪尾猕猴（pig tailed macaques，PTM）在接种 dGY SIV 疫苗后经静脉攻毒高致病性 SIVsmE660 的淋巴结样本。该数据集属于感染性疾病领域的其他类目，主题标签为原始测序读段（Raw sequence reads），包含与空间数据相关的测序信息。研究设计按动物既往 dGY 感染持续时间将 dGY 控制组分为短期（30 周）、中期（2 年）和长期（超过 5 年）三组，并纳入一组 naive 动物作为对照（N=5），其中 MA23 和 M18 两只来自 dGY 疫苗阶段的动物被归入短期组。该数据集可用于观察疫苗攻毒后淋巴结组织的空间转录组特征。
【数据集背景】
该数据集来源于 NCBI，英文名称为“PRJNA1337287: Spatial transcriptomics anlaysis of dGY LN following E660 challenge”。其研究背景是评估 dGY SIV 疫苗对高致病性 SIVsmE660 静脉攻毒的保护作用。实验对象为先前接种过 dGY SIV 疫苗的猪尾猕猴，攻毒采用高致病性 SIVsmE660（i.v.，即静脉途径），目的是测量疫苗保护效果。研究将 dGY 控制组猪尾猕猴按既往 dGY 感染时间划分为短期（30 周）、中期（2 年）和长期（超过 5 年）三组，并设置 naive 动物对照组（N=5）。来自 dGY 疫苗阶段的动物 MA23 和 M18 被纳入短期（30 周）组。该数据集所涉及的测序与空间数据相关联，属于感染性疾病 / 其他分类下的空间转录组学分析资源。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，即原始测序读段。源站描述明确指出，该数据集包含与空间数据相关的测序内容（sequencing associated with spatial data）。研究对象为猪尾猕猴淋巴结（dGY LN）在 E660 攻毒后的空间转录组学分析。样本分组包括短期（30 周）、中期（2 年）和长期（超过 5 年）dGY 控制组，以及 naive 对照组（N=5）；其中 MA23 和 M18 属于短期组。除上述分组与测序类型信息外，源站未提供关于读段数量、测序平台、空间分辨率、基因表达矩阵或具体分析结果的进一步描述。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。生物样本来自先前接种 dGY SIV 疫苗并接受高致病性 SIVsmE660 静脉攻毒的猪尾猕猴。研究按既往 dGY 感染时间对 dGY 控制组动物进行分组：短期组为 30 周，中期组为 2 年，长期组为超过 5 年；MA23 和 M18 两只动物来自 dGY 疫苗阶段，归入短期组。naive 动物对照组包含 5 只动物。数据集包含与空间数据相关的测序信息。除上述内容外，源站未提供样本采集部位的具体解剖细节、采样时间点、测序建库方法或伦理审批信息。
【适用场景】
该数据集适用于感染性疾病研究背景下，对猪尾猕猴淋巴结组织在 SIVsmE660 攻毒后的空间转录组特征进行分析。潜在用途包括比较不同 dGY 感染持续时间组（短期 30 周、中期 2 年、长期超过 5 年）与 naive 对照组之间的空间基因表达差异，以及结合疫苗阶段动物 MA23 和 M18 的数据观察短期组的空间转录组表现。由于主题标签为原始测序读段，该数据集也可作为空间转录组测序数据处理的原始输入，用于后续比对、表达定量和空间定位分析。上述适用方向基于数据集的研究设计与数据类型，源站未提供具体的分析结论或验证结果。
【使用方法】
该数据集以原始测序读段（Raw sequence reads）形式提供，并包含与空间数据相关的测序信息。使用者可根据源站 NCBI 的条目获取测序数据，并按照空间转录组分析的常规流程进行读段质控、比对、表达定量和空间信息整合。由于源站未提供具体的测序平台、读段布局、空间条形码结构或配套注释文件，实际处理时需以 NCBI 条目中的原始记录为准。分组信息可依据短期（30 周）、中期（2 年）、长期（超过 5 年）和 naive 对照组（N=5）进行样本组织，其中 MA23 和 M18 归入短期组。源站未提供专门的分析流程、代码或参数说明。
【质量与限制】
该数据集为 NCBI 来源的原始测序读段，包含与空间数据相关的测序内容，但源站未提供读段质量评分、测序深度、空间捕获效率、重复样本数量或批次效应评估等信息。样本分组中 naive 对照组明确为 N=5，其他组别的动物数量源站未提供。数据集描述中未提及数据过滤标准、质控阈值或可能的偏差来源。由于缺乏上述质量指标，使用者在分析前应自行评估数据质量，并注意该数据集仅覆盖猪尾猕猴淋巴结在特定攻毒条件下的空间转录组测序信息，结论外推需谨慎。源站未提供关于数据限制的进一步说明。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，英文名称为“PRJNA1337287: Spatial transcriptomics anlaysis of dGY LN following E660 challenge”。源站未提供具体的引用文献、作者列表、许可协议或数据使用条款。使用者在引用或再利用该数据集时，应查阅 NCBI 条目页面以获取最新的引用与许可信息。源站未提供关于数据共享政策或商业使用限制的说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1337287
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
先前接种过dGY SIV疫苗的猪尾猕猴（PTM）通过静脉途径（i.v.）接受了高致病性SIVsmE660的攻击，以评估疫苗保护效果。根据既往dGY感染的时间，将控制dGY的PTM队列分为三组。来自dGY疫苗阶段的动物MA23和M18被纳入短期（30周）组。另外两组分别由中期（2年）和长期（>5年）dGY控制者组成。另设一组未处理动物作为对照（N=5）。该数据集包含与空间数据相关的测序数据。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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