PRJNA1313180：2012至2020年中国分离Palyam病毒全基因组测序

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1313180

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数据说明

帕利亚姆病毒（PALV）是一种全球流行的虫媒病毒，属于呼肠孤病毒科环状病毒属。该病毒主要由库蠓叮咬传播，是一种具有重要兽医意义的病原体，被认定为牛繁殖障碍和先天性缺陷的致病因子，如脑积水-小脑发育不全（HCH）综合征。该病毒已知在亚洲、非洲和澳大利亚的温带和热带地区呈地方性流行，对全球畜牧业构成持续威胁。尽管PALV的全球分布和致病潜力已得到确认，但在此研究之前，该病毒在中国的遗传多样性及进化历史在很大程度上仍未被探索。这一关键知识空白严重阻碍了对该被忽视病原体进行有意义的风险评估以及制定基于证据的监测和控制策略。具体而言，中国流行的PALV毒株，包括楚赞（CHUV）、邦伊普克里克（BCV）和达吉拉尔（DAV）血清型分离株的全基因组序列数据严重匮乏。

本项目旨在通过提供中国PALV的首个全面基因组特征描述来弥补这一关键空白。该BioProject包含从中国南方一项长期国家虫媒病毒监测计划中获得的15株代表性PALV分离株的完整全基因组序列。这些分离株经过策略性选择，以代表该病毒广泛的时空和遗传多样性，它们于2012年至2020年间从云南省和广东省的哨兵牛和水牛中采集。该数据集包括已确认在该地区共同流行的所有三种PALV血清型的基因组：Chuzan（CHUV）、Bunyip Creek（BCV）和D’Aguilar（DAV）。从感染细胞培养物中提取病毒dsRNA，并使用FLAC方法生成所有十个基因组片段的全长cDNA拷贝，随后

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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