PRJNA1092992：喂食 C. acnes 菌株（HM系列）调控基因的特征分析
在本研究中，我们以秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）为模型动物，研究了痤疮丙酸杆菌（Cutibacterium acnes）对寿命的影响
基本信息
资源简介
PRJNA1092992：喂食 C. acnes 菌株（HM系列）调控基因的特征分析
本研究以秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）为模型动物，围绕痤疮丙酸杆菌（Cutibacterium acnes）对寿命的影响展开，并对受不同菌株喂养调控的基因进行了表征。研究观察到，当成年秀丽隐杆线虫被喂食痤疮丙酸杆菌菌株后，其寿命表现因菌株类型而异：喂食致病性痤疮丙酸杆菌菌株（如HM-122）的动物，其寿命显著短于喂食OP50（对照）的动物；而喂食共生性痤疮丙酸杆菌菌株（如HM-555）的动物，其寿命与对照组相比没有显著差异。该数据集即围绕这一实验体系，记录与喂养不同痤疮丙酸杆菌菌株相关的基因调控特征，属于感染性疾病领域的其他类数据，来源为ebi.ac.uk。
【数据集背景】
痤疮丙酸杆菌是一种与人体皮肤密切相关的细菌，其不同菌株在宿主中的生物学效应可能存在差异。为探究这种差异对宿主整体生理状态尤其是寿命的影响，本研究选择秀丽隐杆线虫作为模型动物。秀丽隐杆线虫具有生命周期短、遗传操作便利等特点，常被用于研究细菌与宿主相互作用及寿命调控。在此背景下，研究以喂食OP50作为对照，比较了致病性菌株与共生性菌株对线虫寿命的不同影响，并进一步关注受喂养调控的基因，从而形成本数据集的核心科学背景。
【数据内容】
该数据集的主题是对受痤疮丙酸杆菌菌株喂养调控的基因进行表征，涉及HM系列菌株。研究内容围绕成年秀丽隐杆线虫在喂食不同痤疮丙酸杆菌菌株后的寿命变化及相关基因调控展开。源站描述中明确提及的菌株包括致病性菌株HM-122和共生性菌株HM-555，并以OP50作为对照。数据集英文名称为“PRJNA1092992: Characterization of the genes that were regulated by feeding with C. acnes strains (HMseries)”。除上述信息外，源站未提供关于数据内容的具体组成、文件类型或数据量的进一步说明。
【采集与来源】
该数据集来源于ebi.ac.uk。研究以秀丽隐杆线虫为模型动物，通过喂食不同痤疮丙酸杆菌菌株开展实验，比较致病性菌株、共生性菌株与OP50对照之间的寿命差异，并在此基础上对受喂养调控的基因进行表征。源站描述中给出了实验所涉及的菌株示例，包括HM-122和HM-555。关于样本采集的具体流程、实验条件、测序平台或数据处理步骤，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于关注痤疮丙酸杆菌与宿主相互作用、细菌感染与寿命调控、以及以秀丽隐杆线虫为模型开展基因表达或基因调控研究的场景。由于研究涉及致病性菌株与共生性菌株的对比，也可用于探讨不同菌株类型对宿主生理影响的差异。此外，该数据集属于感染性疾病领域的其他类数据，可供相关方向的科研人员参考。具体适用场景需结合源站提供的完整信息判断，源站未提供更详细的适用说明。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据下载方式、分析流程、软件工具或参数设置等。使用者如需使用，应参考来源站ebi.ac.uk上的相关说明。源站未提供。
【质量与限制】
源站描述中给出了明确的实验观察结果，即致病性菌株HM-122喂养组寿命显著短于OP50对照组，而共生性菌株HM-555喂养组与对照组无显著差异。这些结果构成了该数据集的重要背景。但关于数据质量指标、样本量、重复次数、统计方法细节以及可能存在的偏差或限制，源站未提供。因此，使用者在解释和再利用该数据集时，应留意这些信息的缺失。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。使用者应访问来源站ebi.ac.uk查询相关的引用规范与许可条款。源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA1092992
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
在本研究中，我们以秀丽隐杆线虫作为模型动物，探究了痤疮丙酸杆菌对寿命的影响。当成年秀丽隐杆线虫被喂食痤疮丙酸杆菌菌株时，被喂食致病性痤疮丙酸杆菌菌株（如HM-122）的线虫寿命显著短于被喂食OP50（对照组）的线虫。相反，被喂食共生性痤疮丙酸杆菌菌株（如HM-555）的线虫寿命与对照组线虫无显著差异。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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