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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJEB87282：马里儿童感染中的革兰阴性肠杆菌目（2005-2023）

PRJEB87282 是一个公开的生物学项目记录，其完整名称为“Gram-Negative Enterobacterales from Paediatric Infections, Mali (2005-2023)”。该数据集聚焦于马里地区儿童感染中分离出的革兰阴性肠杆菌目细菌，时间跨度覆盖 2005 年至 2023 年。在 NCBI BioProject 数据库中，该记录以“Gram-Negative Enterobacterales in Mali (ID 1238715)”为标题呈现，所属分类为感染性疾病 / 其他，主题标签为“Other”。BioProject 作为生物数据的集合，旨在将源自单一机构或联合体的同一项研究计划所产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中查找和访问。该数据集为研究马里儿童感染相关革兰阴性肠杆菌目的科研人员提供了一个统一的数据入口，有助于了解该地区此类病原体的长期分布与特征。

【数据集背景】

该数据集对应 NCBI BioProject 记录 PRJEB87282，其核心主题是马里儿童感染中分离的革兰阴性肠杆菌目。肠杆菌目是一类常见的革兰阴性杆菌，部分成员可引发儿童严重感染。该项目的设立旨在汇集与这一主题相关的生物学数据，时间跨度从 2005 年至 2023 年，覆盖了近二十年的样本采集或研究周期。源站标题明确标注了“Gram-Negative Enterobacterales in Mali”，并附有 BioProject ID 1238715，表明该记录是 NCBI BioProject 体系中的一个正式条目。BioProject 的通用定义指出，它是由单一组织或联合体发起的一项研究计划所关联的生物数据的集合，为用户提供查找该项目所产生各类数据的统一入口。因此，该数据集可被视为一个围绕马里儿童感染中革兰阴性肠杆菌目的数据汇总节点。

【数据内容】

该数据集所涉及的数据类型为与马里儿童感染中革兰阴性肠杆菌目相关的生物学数据。由于 BioProject 记录本身是多种数据类型的链接集合，具体包含的数据文件、序列信息、样本元数据或其他衍生数据，源站未提供详细说明。主题标签为“Other”，表明其分类不属于常见的标准化主题类别。本站分类将其归入“感染性疾病 / 其他”，进一步提示该数据集与感染性疾病领域相关，但具体的数据内容构成、数据量、文件格式等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）的 BioProject 数据库。源站描述指出，BioProject 记录源自单一组织或联合体，并提供指向该项目所生成各类数据的链接。该数据集对应的 BioProject 记录编号为 PRJEB87282，标题为“Gram-Negative Enterobacterales in Mali (ID 1238715)”。关于样本采集的具体地点、采集机构、采集方法、伦理审批信息等，源站未提供。时间跨度 2005 至 2023 年已在数据集名称中明确，但具体的采集时间点分布、样本量等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与马里地区儿童感染中革兰阴性肠杆菌目相关的研究场景。例如，研究人员可利用该 BioProject 记录查找该项目所关联的各类生物学数据，用于病原体鉴定、耐药性分析、流行病学调查或比较基因组学研究等。由于时间跨度覆盖 2005 至 2023 年，该数据集也可能适用于观察该地区此类病原体的长期变化趋势。此外，对感染性疾病领域的数据整合与分析、公共卫生监测以及相关系统综述等，该数据集可作为数据来源之一。但具体适用场景需结合该 BioProject 实际关联的数据类型和内容来确定，源站未提供更详细的适用建议。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录，使用其标题“Gram-Negative Enterobacterales in Mali (ID 1238715)”或编号 PRJEB87282 进行检索。BioProject 记录提供指向该项目所生成各类数据的链接，用户可据此进一步获取感兴趣的数据文件或相关信息。具体的数据下载方式、访问权限、所需工具或分析流程等，源站未提供。建议用户直接访问 NCBI BioProject 页面，查看该记录所关联的详细数据链接和说明。

【质量与限制】

该数据集作为 NCBI BioProject 中的一项记录，其数据质量依赖于原始数据提交方所提供的信息。源站未提供关于数据质量控制、验证方法、完整性或准确性等方面的具体说明。此外，该数据集的时间跨度为 2005 至 2023 年，但样本覆盖范围、地理代表性、数据一致性等可能存在的限制，源站未提供。用户在使用时应自行评估数据的适用性和可靠性。由于 BioProject 仅为数据集合的入口，具体数据质量需参考其关联的原始数据记录。

【引用与许可】

该数据集的引用方式、许可协议、使用条款以及数据共享政策等，源站未提供。用户在使用该数据集或其中关联的数据时，应遵循 NCBI 及原始数据提交方所规定的引用和许可要求。建议访问 NCBI BioProject 页面获取最新的引用信息和许可说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB87282

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB87282

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究回顾性分析了马里巴马科一家儿科医院的数据，重点关注由非沙门菌革兰阴性肠杆菌目细菌引起的血流感染和无菌部位感染。数据集包括2005年至2023年间因发热（≥39°C）或疑似侵袭性细菌感染而住院的儿童。根据临床指征采集血培养和其他无菌部位培养标本。采用标准纸片扩散法进行细菌鉴定和抗菌药物敏感性试验（AST）。本研究提供了分离病原体的全基因组序列数据，有助于了解西非儿科革兰阴性菌血症的抗菌药物耐药趋势。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别