太平洋牡蛎营养胁迫下微生物组变化(23℃,饥饿)16S rRNA宏条形码营养胁迫样本

该数据集来自 NCBI,对应 PRJEB86589,聚焦太平洋牡蛎(Magallana gigas)在营养胁迫(23C、饥饿)下的微生物组变化

sra
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基因组分类Other
PRJEB86589: Microbiome shifts in Pacific oysters (Magallana gigas) under nutritional stress (23C, starved), 16S rRNA metabarcoding nutritional stressed samples, DECICOMP project

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

太平洋牡蛎营养胁迫下微生物组变化(23℃,饥饿)16S rRNA宏条形码营养胁迫样本

该数据集来自 NCBI,对应 PRJEB86589,聚焦太平洋牡蛎(Magallana gigas)在营养胁迫(23C、饥饿)下的微生物组变化。研究涉及两个家系(F11N 和 F14R)的 3 月龄易感双亲牡蛎,在 23C 条件下饥饿适应 16 天后,通过共居感染 72 小时,并在 0h、3h、6h、12h、24h、48h、72h 采样。每个样本为 10 只牡蛎的混合池,设三个重复,提取 DNA 后使用 Illumina MiSeq 平台(2x250bp)对 16S rRNA 的 V3-V4 区进行宏条形码测序。数据可用于分析食物剥夺对牡蛎相关微生物群的影响(来源 ncbi.nlm.nih.gov)。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):营养胁迫可影响太平洋牡蛎(Magallana gigas)的微生物组组成,并可能影响疾病抵抗力。本研究考察了两个家系(F11N 和 F14R)的 3 月龄易感双亲牡蛎的微生物群落,这些牡蛎维持在允许条件(23C)下但被剥夺食物(饥饿条件)。该适应过程持续 16 天,随后通过共居感染 72 小时,并在 0h、3h、6h、12h、24h、48h 和 72h 采样。每个样本为 10 只牡蛎的混合池,设三个重复。提取 DNA 后,使用 Illumina MiSeq 平台(2x250bp)进行 16S rRNA 宏条形码测序(V3-V4 区)。该数据集为食物剥夺对牡蛎相关微生物群的影响提供了见解。

【主题与分类】

主题标签:Other。本站分类:感染性疾病。

【获取与许可】

源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB86589

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    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

营养应激可影响太平洋牡蛎(Magallana gigas)的微生物组组成,进而可能影响其抗病性。本研究考察了两个家系(F11N和F14R)的3月龄易感双亲牡蛎的微生物群落,这些牡蛎被置于允许性条件(23℃)下但断绝食物(饥饿条件)。该驯化过程持续16天,随后通过共居感染72小时,并在0h、3h、6h、12h、24h、48h和72h进行采样。每个样本为10只牡蛎的混合样本,设三个重复。提取DNA后,使用Illumina MiSeq平台(2x250bp)进行16S rRNA宏条形码测序(V3-V4区域)。该数据集为食物剥夺对牡蛎相关微生物群影响的研究提供了见解。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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