太平洋牡蛎对照组微生物组组成16S rRNA宏条形码对照样本

该数据集来自 NCBI,为 DECICOMP 项目中太平洋牡蛎(Magallana gigas)在对照条件(23C、自由摄食)下的 16S rRNA 宏条形码对照样本

sra
浏览 8
基因组Other
PRJEB86519: Microbiome composition of Pacific oysters (Magallana gigas) under control conditions (23C, fed ad libitum), 16S rRNA metabarcoding control samples, DECICOMP project

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

太平洋牡蛎对照组微生物组组成16S rRNA宏条形码对照样本

该数据集来自 NCBI,为 DECICOMP 项目中太平洋牡蛎(Magallana gigas)在对照条件(23C、自由摄食)下的 16S rRNA 宏条形码对照样本。研究涉及两个家系(F11N 和 F14R)的 3 月龄易感双亲牡蛎,经 16 天适应后通过共居感染 72 小时,并在 0h、3h、6h、12h、24h、48h、72h 采样,每个样本为 10 只牡蛎的混合池、三个重复,提取 DNA 后使用 Illumina MiSeq 平台(2x250 bp)对 V3-V4 区进行测序。数据可用于了解基线微生物群落,并作为与应激暴露牡蛎比较分析的参考(来源 ncbi.nlm.nih.gov)。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):微生物组在太平洋牡蛎(Magallana gigas)的健康和抗病性中起着至关重要的作用。本研究调查了两个家系(F11N 和 F14R)的 3 月龄易感双亲牡蛎在允许条件(23C,自由摄食)下维持的微生物组成。适应持续 16 天,然后通过共居感染 72 小时,并在 0h、3h、6h、12h、24h、48h 和 72h 采样。每个样本是 10 只牡蛎的混合池,有三个重复。提取 DNA,并使用 Illumina MiSeq 平台(2x250 bp)进行 16S rRNA 宏条形码测序(V3-V4 区)。该数据集提供了对基线微生物群落的见解,并可作为与应激暴露牡蛎进行比较分析的参考。

【主题与分类】

主题标签:Other。本站分类:感染性疾病。

【获取与许可】

源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB86519

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付,我们提供全链路闭环服务,让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持?联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

免费样本无法满足模型训练要求?千方提供经三甲医院脱敏、带病理回证与专家标注的商业级专病数据集。

使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB86519

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

微生物组在太平洋牡蛎(Magallana gigas)的健康与抗病性中起着至关重要的作用。本研究调查了两个家系(F11N和F14R)的3月龄易感病双亲牡蛎在适宜条件下(23°C,自由摄食)的微生物组成。适应期为16天,随后通过共居感染72小时,并在0h、3h、6h、12h、24h、48h和72h进行采样。每个样本为10只牡蛎的混合样本,设三个重复。提取DNA后,使用Illumina MiSeq平台(2x250 bp)进行16S rRNA宏条形码测序(V3-V4区域)。该数据集为了解基线微生物群落提供了见解,并可作为与应激暴露牡蛎进行比较分析的参考。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

需要用于商业化训练或医疗器械注册(NMPA/FDA)?

公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连,提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。