PERFORM RNA-Seq 数据集的 RNA 速率分析
该数据集来自 PERFORM 研究队列，包含 399 例疑似感染患者及 19 例非感染对照的全血 RNA-Seq 数据，用于 RNA 速率分析
基本信息
资源简介
PERFORM RNA-Seq 数据集的 RNA 速率分析
PRJEB83839 是一项针对 PERFORM 研究队列全血 RNA-Seq 数据的 RNA 速率分析数据集，归类于感染性疾病 / 其他方向，数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。该数据集的核心样本由 399 例疑似感染患者构成，并纳入 19 例非感染对照受试者，全部样本均来自 PERFORM 这一多国前瞻性观察研究队列。PERFORM 研究聚焦于欧洲范围内因疑似感染就诊的儿童，旨在通过个体化风险评估优化真实临床环境中的管理决策。该数据集以全血转录组测序数据为基础，服务于 RNA 速率（RNA velocity）分析，可用于探索疑似感染状态下血液转录组的动态变化特征。整体而言，该数据集将大规模疑似感染队列与严格筛选的健康对照相结合，为感染相关转录组动态研究提供了样本基础。
【数据集背景】
该数据集所属的 PERFORM 研究全称为“Personalized Risk assessment in Febrile illness to Optimize Real-life Management across the European Union”，即欧盟范围内针对发热性疾病开展个体化风险评估以优化真实临床管理的研究。这是一项多国前瞻性观察性研究，研究对象为因疑似感染前往欧洲各国医院就诊的儿童。RNA 速率分析是一种基于未剪接与已剪接转录本比例推断细胞状态转变方向与速度的分析方法，本数据集正是为这一研究目的而构建，选取了 PERFORM 队列中疑似感染患者的一部分样本开展全血 RNA-Seq 测序与 RNA 速率分析。
【数据内容】
数据集包含 399 例疑似感染患者的全血 RNA-Seq 数据，以及 19 例非感染对照受试者的样本数据。对照受试者同样招募自 PERFORM 研究，主要来自门诊环境，其在就诊时健康状况良好，且就诊原因不太可能影响血液转录组，例如多指畸形术前评估或扁桃体切除术。样本类型为全血，测序策略为 RNA-Seq，并采用核糖体去除（ribodepletion）方式构建文库。数据集的主题标签为 Other。
【采集与来源】
样本来源于 PERFORM 多国前瞻性观察研究队列。总 RNA 采用 PAXgene miRNA 血液提取试剂盒（Qiagen）分离，随后经额外的 DNAse 处理（Zymo Research），再送至 The Wellcome Centre 进行核糖体去除文库制备与 RNA-Seq 测序。数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。
【适用场景】
该数据集适用于基于全血 RNA-Seq 的 RNA 速率分析，可用于研究疑似感染患者血液转录组的动态特征，并可与非感染对照样本进行比较。由于对照受试者经过筛选，其就诊原因被认为不太可能影响血液转录组，因此可为感染相关转录组变化提供参照。数据集面向感染性疾病方向的转录组动态研究场景。
【使用方法】
源站未提供。
【质量与限制】
源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB83839
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
在我们的RNA速率研究中，我们使用了来自“欧盟范围内个性化发热性疾病风险评估以优化现实管理”（PERFORM）研究队列中399例疑似感染患者子集的全血RNA-Seq数据。PERFORM研究是一项多国前瞻性观察性研究，纳入因疑似感染就诊于欧洲各医院的儿童。我们还纳入了招募至PERFORM研究的19名非感染对照受试者，这些受试者主要来自门诊环境，就诊时健康状况良好，且就诊原因不太可能影响血液转录组，例如多指或扁桃体切除术的术前评估。使用PAXgene miRNA血液提取试剂盒（Qiagen）分离总RNA，经额外DNAse处理（Zymo Research）后，送至英国牛津Wellcome人类遗传学中心进行核糖体去除文库制备和RNA-Seq，使用Novaseq6000平台，采用150bp双端配置，每样本产生约3000万条原始reads。样本为双端数据（_1和_2）。同一个人的临床事件具有相同的编号（PERFORM_number）。
事件编号在样本名称的E部分下指定。时间点由TP指定。本次提交中的所有样本均为时间点1。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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