荷兰住院患者艰难拟梭菌PCR核糖体型002感染增加与疾病严重程度下降研究
该数据集来自 NCBI BioProject（编号 PRJEB81246），主题为荷兰住院患者中艰难拟梭菌（Clostridioides difficile）PCR 核糖体型 002 感染增加与疾病严重程度下降的关联研究
基本信息
资源简介
荷兰住院患者艰难拟梭菌PCR核糖体型002感染增加与疾病严重程度下降研究
该数据集对应 NCBI BioProject 编号 PRJEB81246，源站标题为“C. difficile RT002 study in the Netherlands (ID 1349881) - BioProject - NCBI”，英文名称为“PRJEB81246: Increase of Clostridioides difficile PCR ribotype 002 infection coincides with decreased disease severity in hospitalized patients in the Netherlands”。其主题聚焦于荷兰住院患者中艰难拟梭菌（Clostridioides difficile）PCR 核糖体型 002 感染增加与疾病严重程度下降之间的关联研究。数据集在分类上归属于感染性疾病 / 其他，主题标签为 Other，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。整体而言，该数据集是一个围绕特定病原体分子分型与临床严重程度变化关系而建立的生物项目记录，可供相关领域研究者了解该研究的数据组织入口与主题范围。
【数据集背景】
该数据集来自 NCBI BioProject，项目编号为 PRJEB81246。BioProject 是围绕单一研究计划或倡议而汇集生物数据的集合，通常由单一机构或联合体发起。一个 BioProject 记录为用户提供一个统一入口，用于查找该项目所产生的多种数据类型。该项目的主题为荷兰住院患者中艰难拟梭菌 PCR 核糖体型 002 感染增加与疾病严重程度下降的关联研究。源站标题进一步表明，该研究关注的是荷兰地区艰难拟梭菌 RT002 这一特定核糖体型。本站将其归入感染性疾病 / 其他分类，主题标签为 Other。
【数据内容】
源站未提供该数据集所包含的具体样本数量、测序类型、文件格式、数据规模或分析结果等细节。已知信息仅表明其属于 BioProject 记录，用于汇集与单一研究计划相关的生物数据，并提供指向该项目所生成多种数据类型的链接入口。该项目的核心主题是艰难拟梭菌 PCR 核糖体型 002 感染增加与住院患者疾病严重程度下降之间的关联，但源站未提供具体的数据内容描述。
【采集与来源】
该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“C. difficile RT002 study in the Netherlands (ID 1349881) - BioProject - NCBI”。项目编号为 PRJEB81246。源站描述指出，BioProject 记录来自单一机构或联合体发起的单一研究计划，并提供查找该项目所生成多种数据类型的统一入口。除上述来源信息外，源站未提供关于样本采集地点、采集时间、纳入排除标准、伦理审批或具体研究机构的更多信息。
【适用场景】
该数据集适用于与艰难拟梭菌感染相关的感染性疾病研究场景，尤其是关注 PCR 核糖体型 002 的分子流行病学、住院患者感染趋势以及疾病严重程度变化关联的研究方向。由于该项目主题涉及荷兰住院患者中 RT002 感染增加与疾病严重程度下降的关联，相关领域的研究人员可将其作为了解该研究数据入口的参考。源站未提供更具体的适用场景说明。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法、访问流程、数据下载方式或分析工具要求。已知信息仅表明 BioProject 记录为用户提供查找该项目所生成多种数据类型的统一入口。使用者可通过 NCBI BioProject 编号 PRJEB81246 定位该记录，但源站未提供进一步的操作说明。
【质量与限制】
源站未提供该数据集的质量评估信息、数据完整性说明、版本更新记录或使用限制。由于该项目为 BioProject 记录，其具体数据质量与限制需依据源站实际内容判断，源站未提供相关描述。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用格式、许可协议或使用条款信息。使用者如需引用或使用该数据集，应参考 NCBI BioProject 源站记录中的相关说明，源站未提供具体内容。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB81246
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
背景与目的：艰难拟梭菌PCR核糖体型（RT）002是荷兰第二常见的RT。2019年，爱尔兰报告了由RT002克隆株引起的艰难拟梭菌感染（CDI）增加。回顾性分析发现，2017年5月至2018年5月期间，荷兰由RT002引起的CDI比例显著增加（683例中占11.9%，而前一年865例中占6.5%）。我们的目的是分析和描述RT002所致CDI随时间的变化特征，并评估荷兰的RT002分离株是否与爱尔兰的RT002分离株相关。方法：利用荷兰2009年5月至2021年4月期间的全国艰难拟梭菌监测数据，将RT002所致CDI（n=611）的临床表现与非高毒力RTs（其他组，RT001和RT014/020/295；n=6383）以及被认为是高毒力（HV）的核糖体型——RT027（n=125）和RT078（n=960）——所致CDI进行比较。根据比例的增加情况，将数据集分为两个时期：2009年5月至2017年4月（比例增加之前）和2017年5月至2021年4月（比例增加之后）。
在611株菌株中，随机选取了39株RT002型菌株，这些菌株于2013-2021年间从荷兰不同医院分离，并进行了全基因组测序。结果：在整个期间，由RT002引起的CDI患者表现出较轻的CDI严重程度（22%），相比之下，高毒力RTs（RT027；29%和RT078；25%）的严重程度较高，与其他非高毒力核糖体分型的分组数据相似（21%）。在比例增加之前，与RT002相关的CDI严重程度与高毒力相关的CDI相似，而在此之后情况不再如此。使用核心基因组MLST分析，未发现荷兰分离株与爱尔兰暴发株相关。然而，一些荷兰菌株聚集在一起，没有明显的流行病学联系，提示近期出现。结论：RT002相关CDI比例的增加并不能用爱尔兰暴发株的传播来解释。总体而言，严重程度、c
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
