PRJEB77680：高抗菌药物使用流行病学网络中肠杆菌科的趋同进化
该数据集对应 NCBI BioProject 记录 PRJEB77680，主题为高抗菌药物使用流行病学网络中肠杆菌科的趋同进化，源站标题指向 Shigella sonnei metG（ID 1500881）
基本信息
资源简介
PRJEB77680：高抗菌药物使用流行病学网络中肠杆菌科的趋同进化
该数据集对应 NCBI BioProject 记录 PRJEB77680，英文名称为“Convergent evolution of Enterobacteriaceae in epidemiological networks with high antimicrobial use”，中文可理解为“高抗菌药物使用流行病学网络中肠杆菌科的趋同进化”。其源站标题为“Shigella sonnei metG (ID 1500881) - BioProject - NCBI”，表明该 BioProject 记录与宋内志贺菌（Shigella sonnei）的 metG 相关条目（ID 1500881）存在关联。本站将其归入“感染性疾病 / 其他”分类，主题标签为“Other”。整体来看，该数据集是一个围绕特定生物学研究计划组织起来的 BioProject 记录，核心主题聚焦于在高抗菌药物使用的流行病学网络背景下，肠杆菌科细菌的趋同进化现象，并以宋内志贺菌相关条目作为源站标题所指向的具体对象。
【数据集背景】
该数据集的背景来自 NCBI BioProject 体系。BioProject 是围绕单一研究计划或倡议汇集生物数据的记录形式，这些计划或倡议通常来自单一组织或联合体。一个 BioProject 记录为用户提供一个统一入口，用于查找该项目所产生的多种数据类型及其相关链接。本数据集对应的 PRJEB77680 即属于此类记录，其研究主题为高抗菌药物使用流行病学网络中肠杆菌科的趋同进化。源站标题进一步指向 Shigella sonnei metG（ID 1500881），说明该 BioProject 与宋内志贺菌的 metG 相关条目存在直接关联。本站分类为“感染性疾病 / 其他”，主题标签为“Other”。
【数据内容】
该数据集的内容以 NCBI BioProject 记录 PRJEB77680 为核心。根据源站描述，BioProject 记录本身并不限于单一数据类型，而是汇集与同一研究计划相关的多种生物数据，并提供指向这些数据的链接。因此，该数据集的内容范围应理解为与“高抗菌药物使用流行病学网络中肠杆菌科的趋同进化”这一研究计划相关的生物数据集合。源站标题中出现的“Shigella sonnei metG (ID 1500881)”表明，宋内志贺菌的 metG 条目是该 BioProject 所关联的具体内容之一。除上述信息外，关于该数据集具体包含哪些样本、序列、组装、注释或其他数据类型的详细列表，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）。其记录形式为 BioProject，记录标识为 PRJEB77680。源站标题为“Shigella sonnei metG (ID 1500881) - BioProject - NCBI”，说明该记录在 NCBI BioProject 体系下展示，并与宋内志贺菌 metG 条目（ID 1500881）相关联。关于该研究计划的具体发起组织、联合体、采样地点、采样时间、采集方法、测序平台或数据处理流程等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与感染性疾病、肠杆菌科细菌进化、抗菌药物使用与流行病学网络相关的研究场景。由于主题涉及高抗菌药物使用条件下肠杆菌科的趋同进化，潜在使用方向包括：比较不同流行病学网络中肠杆菌科的进化特征、研究抗菌药物使用压力与趋同进化之间的关系、以及围绕宋内志贺菌 metG 相关条目开展进一步分析。本站分类为“感染性疾病 / 其他”，主题标签为“Other”，因此也可作为感染性疾病领域下其他相关研究的参考数据入口。具体适用场景需结合源站提供的实际数据类型和项目说明确定，源站未提供更细化的应用建议。
【使用方法】
该数据集以 NCBI BioProject 记录形式提供，用户可通过 NCBI BioProject 体系访问 PRJEB77680，并利用 BioProject 记录作为统一入口，查找该项目产生的多种数据类型及其相关链接。源站描述指出，BioProject 记录为用户提供一个单一位置，用于发现为该项目生成的不同数据类型。因此，使用方法应围绕 BioProject 记录的导航功能展开：先定位 PRJEB77680，再根据记录中提供的链接跳转至具体数据资源。关于数据下载、格式转换、分析流程或软件工具等具体操作步骤，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集的质量与限制信息，源站未提供。当前可确认的是其记录类型为 BioProject，来源站为 NCBI，记录标识为 PRJEB77680，源站标题指向 Shigella sonnei metG（ID 1500881）。关于数据完整性、准确性、覆盖度、偏差、版本更新、样本量、测序深度、质量控制标准等具体质量指标，以及使用该数据集时可能存在的限制条件，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的引用方式与许可信息，源站未提供。用户在使用时应参考 NCBI BioProject 记录 PRJEB77680 的官方页面，以获取最新的引用要求和使用条款。关于该数据集的具体许可协议、使用限制、署名要求或商业使用规定，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB77680
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
一个被忽视的抗微生物耐药性（AMR）研究焦点是AMR出现前的进化先决条件。以往针对英国男男性行为者（MSM）中共同传播的志贺菌疫情中AMR的研究显示，携带AMR质粒的水平转移促进并增强了疾病传播，表明该人群存在高抗微生物选择压力。在此，我们利用这些分离株来识别志贺菌属中作为AMR进化初步步骤或“踏脚石”的非AMR变化。通过对英国常规监测获得的3，745株宋内志贺菌分离株进行基因组和系统发育分析，我们发现MSM状态与噬菌体-质粒（P-P）携带的metG额外拷贝相关，该基因编码甲硫氨酰-tRNA合成酶。此前已证明该基因与抗生素耐受性相关，而抗生素耐受性是耐药性发展的前兆表型。事后分析显示，携带metG的P-P，即pWPMR2，与患者MSM状态及metG拷贝数增加显著相关。
数据集中额外的metG拷贝存在广泛的序列变异，这表明P-P编码基因经历了不受约束的进化。为了探究相关的表型变化，我们对189个分离株的系统发育子样本进行了流行病学重复样本的大规模表型分析（BPER）（De Silva等，2023），揭示了携带 divergent P-P metG拷贝的菌株具有更长的滞后期。该BPER筛选还辅以在大肠杆菌中进行的功能微生物学实验，以确定变异metG对持久性和对临床相关抗生素耐受性的影响。这项工作提供了群体层面的证据，表明抗生素耐受性在真实世界流行病学场景中加速了AMR，突显了公共卫生基因组监测数据在加速基础病原体生物学发现方面的效用。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
