PRJEB48351：健康人粪便微生物群与白色念珠菌厌氧共培养及16S rRNA基因测序数据集
该数据集来自NCBI，记录了六名健康人供体粪便微生物群接种物与机会性致病酵母白色念珠菌在厌氧条件下的共培养实验，并进行了16S rRNA基因测序（V1-V2可变区），以确定哪些肠道微生物群分类群与抑制白色念珠菌生长最相关
基本信息
资源简介
PRJEB48351：健康人粪便微生物群与白色念珠菌厌氧共培养及16S rRNA基因测序数据集
PRJEB48351 数据集来自 NCBI，围绕人类肠道微生物群与机会性致病酵母白色念珠菌（Candida albicans）之间的拮抗关系展开。研究将白色念珠菌与来自六名不同健康人供体的混合粪便微生物群接种物在厌氧条件下进行共培养，随后开展 16S rRNA 基因测序，以确定在这些共培养体系中哪些肠道微生物群分类群与白色念珠菌生长的抑制最为相关。该数据集属于感染性疾病 / 其他分类，主题标签为 Other，可为研究肠道菌群对真菌病原体的定植抵抗机制提供基础数据。
【数据集背景】
人类肠道微生物群通过竞争营养物质、产生抗菌化合物等机制，保护宿主免受入侵病原体以及本土机会性物种过度生长的侵害。白色念珠菌是一种机会性真菌病原体，可在易感患者中引起严重感染甚至死亡。本研究旨在考察人类肠道细菌对白色念珠菌的拮抗活性，通过共培养实验观察不同供体粪便微生物群对白色念珠菌的抑制能力差异，并借助 16S rRNA 基因序列谱分析寻找与拮抗活性相关的肠道微生物群分类群。
【数据内容】
数据集记录了白色念珠菌与六名健康人供体粪便微生物群接种物在厌氧条件下的共培养实验，以及对这些粪便共培养细菌群落进行的 16S rRNA 基因测序。测序针对 16S rRNA 基因的 V1-V2 可变区，用于指示共培养后哪些肠道微生物群分类群与对白色念珠菌的拮抗活性相关性最强。源站描述在末尾处中断，未完整给出数据集所包含的具体文件或记录类型。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov）。实验材料包括白色念珠菌以及来自六名不同健康人供体的混合粪便微生物群接种物，共培养在厌氧条件下进行。共培养批次孵育显示，不同供体粪便微生物群对白色念珠菌的抑制活性存在差异。随后对粪便共培养细菌群落进行 16S rRNA 基因 V1-V2 可变区序列谱分析。供体的具体招募方式、样本采集地点与时间等信息源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究肠道微生物群对机会性真菌病原体的定植抵抗与拮抗作用，可用于分析共培养体系中与白色念珠菌生长抑制相关的细菌分类群，也可为探索竞争营养物质、产生抗菌化合物等机制提供数据基础。此外，可用于比较不同健康供体粪便微生物群抑制活性的差异。具体分析应用需结合源站提供的原始数据与实验设计信息。
【使用方法】
使用时应依据 16S rRNA 基因 V1-V2 可变区序列数据，对共培养细菌群落进行分类学组成分析，并将分类群丰度与白色念珠菌抑制活性进行关联比较，以识别与拮抗活性最相关的肠道微生物群分类群。由于源站描述未完整给出数据组织方式与分析流程，具体处理方法源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于六名健康人供体的粪便微生物群共培养实验，样本供体数量有限。源站描述在末尾中断，数据集的完整组成、测序深度、质量控制指标及统计分析方法等信息源站未提供。结果反映的是厌氧共培养批次孵育条件下的关联关系，不宜直接外推为体内定植抵抗的因果结论。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB48351
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
人类肠道微生物群通过竞争营养物质和产生抗菌化合物等机制，保护宿主免受入侵病原体的侵害以及本土机会性菌群的过度生长。在本研究中，我们考察了人类肠道细菌对白色念珠菌（Candida albicans）的拮抗活性，后者是一种机会性真菌病原体，可在易感患者中引起严重感染和死亡。我们将白色念珠菌与来自六名不同健康个体的粪便微生物群在分批培养中共培养孵育，结果显示对白色念珠菌的抑制活性存在差异。利用可变区V1-V2对这些粪便共培养细菌群落进行16S rRNA基因序列分析，以指示共培养后哪些肠道微生物群分类群与对白色念珠菌的拮抗活性相关性最强。该数据集包括来自培养实验中健康供者粪便接种物的16S rRNA基因扩增子数据，以及孵育约一至两天后采集的样本数据，这些样本有的与白色念珠菌共培养，有的则没有。
每个培养条件时间点均对两个技术重复（a和b）进行了测序。样本在Illumina MiSeq平台上进行测序，采用2 x 250 bp读长。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
