基本信息

模态

其他

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJEB44406：Clostridioides difficile 核糖体分型 017 的进化历程

PRJEB44406 是一个围绕 Clostridioides difficile ribotype 017 演化主题建立的 BioProject 记录，英文全称为 The Evolutionary Adventures of Clostridioides difficile ribotype 017。该记录在源站 NCBI 上的标题为 Evolution of Clostridioides difficile ribotype 017（ID 737709）。BioProject 是围绕单一研究计划汇集生物数据的记录形式，这些数据来自单一机构或联盟，并为用户提供统一入口，以查找该项目所产生的多种数据类型。本站将该数据集归入感染性疾病 / 其他分类，主题标签为 Other。整体而言，该记录的核心价值在于把与 Clostridioides difficile ribotype 017 演化相关的研究数据集中呈现，便于研究者从同一入口定位和访问该项目关联的各类生物数据。

【数据集背景】

该数据集以 BioProject 形式组织，项目主题聚焦于 Clostridioides difficile ribotype 017 的演化。源站标题明确指出其内容为 Evolution of Clostridioides difficile ribotype 017，项目编号为 737709。BioProject 的设立目的，是围绕一项由单一机构或联盟发起的生物研究计划，汇集不同类型的数据，使用户不必在多个分散资源之间反复检索，而可以通过一个记录入口找到该项目关联的各类数据。因此，该数据集在背景上属于感染性疾病相关生物数据项目的一部分，其主题标签为 Other，本站分类为感染性疾病 / 其他。

【数据内容】

该 BioProject 记录本身是项目级入口，用于汇集与 Clostridioides difficile ribotype 017 演化研究相关的多种生物数据类型。源站描述指出，BioProject 记录提供用户一个统一位置，以查找为该项目生成的多样数据类型。关于该项目具体包含哪些样本、序列、组装或其他数据对象，源站未提供。关于数据量、文件格式、数据大小等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，源站为 NCBI。其记录类型为 BioProject，项目标题为 Evolution of Clostridioides difficile ribotype 017，项目 ID 为 737709。BioProject 可由单一机构或联盟发起，用于汇集同一计划相关的生物数据。关于该项目的具体提交机构、联盟成员、采样地点、采样时间、样本来源及采集方法，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于需要从项目级入口查找 Clostridioides difficile ribotype 017 演化相关生物数据的场景。研究者可借助 BioProject 的统一入口，定位该项目关联的多种数据类型，从而支持对感染性疾病相关生物数据的检索与获取。关于该数据集在具体研究分析、临床诊断、公共卫生决策或药物开发中的直接应用，源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI 的 BioProject 记录访问该数据集，项目标题为 Evolution of Clostridioides difficile ribotype 017，ID 为 737709。BioProject 记录的作用是提供统一入口，帮助用户找到该项目生成的多样数据类型。关于具体下载方式、检索接口、数据访问权限、是否需要注册或登录等操作细节，源站未提供。

【质量与限制】

该记录为 BioProject 项目级描述，其源站描述强调 BioProject 是围绕单一计划汇集生物数据的记录，并提供统一入口以查找多种数据类型。关于该项目的质量控制标准、数据完整性、准确性、更新频率、版本信息及使用限制，源站未提供。用户在使用时应以源站记录及其关联数据页面的实际内容为准。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 Evolution of Clostridioides difficile ribotype 017 (ID 737709) - BioProject - NCBI。关于该数据集的引用格式、许可协议、使用条款及再分发要求，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB44406

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数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB44406

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

艰难拟梭菌核糖体分型（RT）017是全球最成功的艰难拟梭菌谱系之一。在过去三十年间，它已在至少四大洲引起疫情暴发，超过其他流行谱系。然而，我们对艰难拟梭菌RT 017传播的基因组基础了解有限，迄今仅有一项研究估计其快速全球传播始于20世纪90年代。在此，我们对一个更新且更均衡的数据集进行了高分辨率核心基因组单核苷酸多态性（cgSNP）和贝叶斯进化分析，该数据集包含282个非克隆性艰难拟梭菌RT 017基因组，来自1981年至2019年间分离的菌株，跨越六大洲。这些分析将全球传播的估计时间定位于1953年至1983年之间，并确定获得ermB阳性转座子Tn6194是这一传播背后的关键因素。这与20世纪60年代克林霉素——艰难拟梭菌感染的关键诱因——进入临床实践的时间相吻合。仅基于基因组数据，无法确定艰难拟梭菌RT 017的起源。然而，地理数据和人口流动记录表明，C.

艰难梭菌RT 017自中世纪以来一直在亚洲和欧洲之间传播，后于1860年（95%置信区间：1622-1954）被传播至北美。一项针对泰国某三级医院可能暴发的45例临床艰难梭菌RT 017基因组进行的集中研究表明，该种群至少由三个不同的群体组成：两个多重耐药（MDR）艰难梭菌RT 017群体和一个更为古老的非MDR艰难梭菌RT 017群体。每个MDR群体内显著的基因组多样性表明，尽管它们均分离自住院患者，但社区中很可能存在艰难梭菌RT 017的环境储库，促进了该病原体的传播。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别