PRJEB38554：跳跃病病毒群体基因组学为蜱传黄病毒进化提供新见解

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB38554

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：蜱传虫媒病毒的出现和传播对人类和动物健康构成了日益严峻的挑战。在欧洲，这一点体现在蜱传脑炎病毒（TBEV，黄病毒属，黄病毒科）分布范围日益扩大，近期已在英国发现该病毒。然而，人们对其他蜱传黄病毒（TBFV）的了解要少得多，例如与之密切相关的跳跃病病毒（LIV），这是一种动物病原体，在英国和爱尔兰呈地方性流行，但也在欧洲其他地区被检测到，包括斯堪的纳维亚和俄罗斯。这些病毒的出现及潜在的空间重叠，使得有必要更好地理解LIV的基因组多样性、地理传播和进化历史。方法/主要发现：我们对一个病毒样本库进行了测序，该样本库由22株LIV分离株组成，这些分离株在80多年间从英国各地采集。将该数据集与已发表的病毒序列相结合，我们未检测到重组的迹象，并发现LIV基因组多样性较低，且正向选择的证据有限。

系统发育分析提供了地理聚集和长距离传播的证据，包括似乎近期发生的传播事件。然而，尽管有基因组数据和80年的时间跨度，我们发现数据中包含的时间信号不足以可靠地估算LIV的分子钟速率。进一步分析显示，这同样适用于TBEV，尽管程度较轻，这指向了TBFV系统发育定年的一个普遍问题。结论/意义：本研究产生的22个LIV基因组提供了更可靠的LIV系统发育，增进了我们对蜱传黄病毒进化的认识。我们无法估算LIV和TBEV的分子钟速率，这表明对蜱传黄病毒进化的时间校准应谨慎解读，并突显了这些病毒的一个独特方面，这可能由它们对蜱媒的依赖来解释。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。