白喉棒状杆菌两个分支的基因组特征及两个新亚种提案
数据可用于比较不同分支的基因组差异、支持白喉棒状杆菌的亚种划分与分类学研究，并为感染性疾病相关病原鉴定提供参考（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
白喉棒状杆菌两个分支的基因组特征及两个新亚种提案
PRJEB24256 对应一项围绕白喉棒状杆菌（Corynebacterium diphtheriae）基因组特征展开的研究，其英文标题指出该研究识别出两个分支的独特基因组特征，并据此提出两个新亚种：Corynebacterium diphtheriae subsp. diphtheriae subsp. nov. 与 Corynebacterium diphtheriae subsp. lausannense subsp. nov.。该数据集在 NCBI BioProject 中以“Subspecies of Corynebacterium diphtheriae（ID 478547）”为标题收录，本站将其归入感染性疾病 / 其他分类，主题标签为 Other。整体而言，这一数据集面向白喉棒状杆菌的亚种划分与分类学研究，可用于比较不同分支之间的基因组差异，并为感染性疾病相关病原鉴定提供参考。
【数据集背景】
白喉棒状杆菌是白喉的病原体，其种内遗传多样性及亚种划分对流行病学监测、病原鉴定和分类学研究具有重要意义。该数据集所对应的研究聚焦于该菌种内两个分支的基因组特征差异，并在此基础上提出两个新的亚种命名，属于微生物分类学与感染性疾病病原研究交叉的范畴。源站将其收录于 NCBI BioProject，项目编号为 PRJEB24256，项目 ID 为 478547。
【数据内容】
该数据集的核心内容与白喉棒状杆菌两个分支的基因组特征比较相关，研究结论指向两个新亚种的提出，即 Corynebacterium diphtheriae subsp. diphtheriae subsp. nov. 和 Corynebacterium diphtheriae subsp. lausannense subsp. nov.。数据集可用于比较不同分支的基因组差异，支持白喉棒状杆菌的亚种划分与分类学研究，并为感染性疾病相关病原鉴定提供参考。关于具体的样本数量、测序平台、基因组组装指标、基因注释数量等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，以 BioProject 形式组织。BioProject 是围绕某一项研究计划汇集生物数据的集合，通常来自单一机构或联合体；一条 BioProject 记录为用户提供统一入口，以便找到该项目所产生的多种数据类型。该数据集的源站标题为“Subspecies of Corynebacterium diphtheriae (ID 478547) - BioProject - NCBI”。关于样本采集地点、时间、宿主信息及具体提交机构等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于白喉棒状杆菌的亚种划分与分类学研究，可用于比较该菌种不同分支之间的基因组差异，也可为感染性疾病相关病原的鉴定工作提供参考。对于关注白喉棒状杆菌种内遗传分化、亚种命名依据以及病原鉴定标记的研究人员，该数据集具有潜在使用价值。其他具体应用场景，源站未提供。
【使用方法】
该数据集以 NCBI BioProject 记录的形式提供，用户可通过 BioProject 编号 PRJEB24256 或项目 ID 478547 在 NCBI 平台上定位该项目，并经由 BioProject 记录中的链接访问该项目所产生的各类数据。关于数据下载方式、文件格式、分析流程及软件参数等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公开收录的生物项目记录。其质量与限制的具体信息，如数据完整性、测序深度、组装质量、注释可靠性等，源站未提供。使用时应结合原始项目记录及关联数据自行评估。
【引用与许可】
该数据集的引用方式与许可条款，源站未提供。使用时应遵循 NCBI 及原始数据提交方的相关规定。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB24256
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
白喉棒状杆菌是白喉的病原体，该病由白喉毒素的存在引起。然而，越来越多的记录报道了非产毒性白喉棒状杆菌感染。在此，从一名有支气管扩张病史的患者中分离出一株白喉棒状杆菌，该患者发生了严重的气管支气管炎，远端气管和主支气管出现多处白色病变。全基因组测序（WGS）与针对毒素基因的PCR及Elek试验平行进行，在短时间内提供了具有临床相关性的结果，表明该分离株为非产毒性。将新菌株（CHUV2995）与另外56个公开可用的白喉棒状杆菌基因组进行比较基因组分析后发现，与所有其他白喉棒状杆菌基因组（>98.15%）相比，菌株CHUV2995、CCUG 5865和CMCNS703与白喉棒状杆菌参考基因组NCTC 11397共享较低的平均核苷酸一致性（ANI）（95.24%至95.39%）。核心基因组系统发育分析证实存在两个不同的进化支。基于这些发现，我们在此提出两个新亚种：C. diphtheriae subsp. lausannense subsp.
新亚种，重新归类菌株CHUV2995、CCUG 5865和CMCNS703）以及白喉棒状杆菌白喉亚种新亚种，将数据集中所有其他白喉棒状杆菌重新归类。有趣的是，洛桑亚种显示出比白喉亚种更大的基因组大小，并富集了与脂质（I）和无机离子（P）运输和代谢相关的COG类别。相反，它缺乏所有参与菌毛合成（SpaA型、SpaD型和SpaH型）、钼辅因子和硝酸还原酶的基因。最后，CHUV2995基因组特别富含移动基因，并含有多个前噬菌体。它编码一个带有2个间隔序列的II-C型CRISPR-Cas位点，缺少csn2或cas4，这可能阻碍新间隔序列的获取，使菌株CHUV2995更容易受到噬菌体感染和基因获取的影响。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
