PRJEB127695：人侵袭性李斯特菌病的单核细胞增生李斯特菌基因组流行病学与簇动态

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB127695

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

单核细胞增生李斯特菌可引起侵袭性李斯特菌病，这是欧盟/欧洲经济区监测下住院率和病死率最高的食源性感染，近年来欧洲各地确诊病例持续上升。挪威尚缺乏对侵袭性单核细胞增生李斯特菌群体的代表性基因组描述。我们分析了2016年至2025年间转诊至挪威公共卫生研究所国家参考实验室的所有人源侵袭性李斯特菌病单核细胞增生李斯特菌临床分离株（n = 261），占全国通报病例的91%，构成近乎完整的全国侵袭性李斯特菌病普查。分离株通过核心基因组MLST（cgMLST）及谱系特异性、重组后核心基因组SNP（cgSNP）距离进行表征。大多数分离株属于谱系II（n = 176，67.4%），而非谱系I（n = 85，32.6%），与其他北欧临床系列相似。共鉴定出45种序列型（ST）和36个克隆复合群（CC），其中ST7/CC7、ST1/CC1和ST451/CC11最为丰富。

inlA基因中的提前终止密码子存在于17株分离株中（6.5%），其中16株为ST121/CC121中的密码子492截短突变，该克隆被归类为低毒力型，但仍构成了数据集中并列第二大的聚类群。在≤10 cgSNPs（SNP10）和标准cgMLST阈值≤7个等位基因差异（AD7）下的聚类分析在谱系I中完全一致，在谱系II中部分一致（调整兰德指数分别为1.00和0.70）。每个AD7聚类均位于单个SNP10聚类之内，而五个谱系II的SNP10聚类没有对应的AD7聚类，原因是重组掩盖效应使得谱系II中SNP10相当于约17个等位基因差异。略超过半数的分离株（139/261，53.3%）不属于任何聚类。在包含≥5株分离株的十二个聚类中，八个跨越四年或以上（平均6.5年），包含了其99株分离株中的68株，而四个聚类局限于16–27个月，其中三个被归因于某一食物来源。这两个阈值

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。