20株Trichosporon asahii全基因组变异数据集
该数据集为NCBI BioProject收录的20株Trichosporon asahii全基因组变异数据，属于感染性疾病/其他分类
基本信息
资源简介
20株Trichosporon asahii全基因组变异数据集
PRJEB126683 是一个收录于 NCBI BioProject 的基因组学数据集，主题为 20 株 Trichosporon asahii（阿萨希毛孢子菌）的全基因组变异。该数据集在本地分类中归属于“感染性疾病 / 其他”，主题标签为“Other”。从整体上看，它围绕同一物种的多株菌株展开，提供与全基因组变异相关的数据入口，便于研究者集中获取该物种群体水平的基因组差异信息。BioProject 作为生物数据集合的记录形式，通常由单一机构或联合体发起，旨在将同一项目产生的多种数据类型汇聚于一处，方便用户检索和关联。该数据集即属于此类项目记录，其核心对象是 20 株 Trichosporon asahii 的全基因组变异数据。
【数据集背景】
Trichosporon asahii 是一种与感染性疾病相关的真菌。该数据集以“20 株 Trichosporon asahii 菌株的全基因组变异”为核心内容，属于群体基因组变异研究范畴。源站标题将其描述为“Trichosporon asahii population genomic variation”，表明其关注的是该物种在群体层面的基因组变异。BioProject 的设立目的，是为某一项研究计划或倡议所产生的生物数据提供统一的检索入口，使用户能够从一个记录出发，找到该项目下不同数据类型之间的链接。因此，该数据集并非单一类型的原始测序文件，而是一个项目级别的数据集合记录，指向与这 20 株菌株全基因组变异相关的各类数据资源。
【数据内容】
该数据集的内容为 20 株 Trichosporon asahii 菌株的全基因组变异数据。所谓全基因组变异，通常指在基因组水平上检测到的序列差异，例如单核苷酸多态性、插入缺失等。该数据集以 20 株菌株为对象，意味着其数据覆盖多个独立菌株，可用于观察同一物种内不同菌株之间的基因组差异。数据集的英文名称为“Whole-genome variation dataset of 20 Trichosporon asahii strains”，直接点明了菌株数量和变异数据类型。除上述信息外，关于具体变异位点数量、基因组大小、测序深度、覆盖度等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）。它作为 BioProject 记录存在，编号为 PRJEB126683，源站标题中另标注有 ID 1530171。BioProject 记录本身并不直接等同于原始数据文件，而是提供指向该项目所产生各类数据的链接。源站描述指出，BioProject 是来自单一组织或联合体的、与单一研究倡议相关的生物数据集合，为用户提供查找该项目下多种数据类型的统一位置。关于这 20 株菌株的具体分离来源、采集地点、采集时间、宿主信息等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与 Trichosporon asahii 群体基因组变异相关的研究场景。例如，研究者可利用其探索该物种不同菌株之间的基因组差异，开展群体遗传结构、变异谱分析等方向的工作。由于该数据集被归类为“感染性疾病 / 其他”，它也可能服务于与感染性疾病相关的真菌基因组学研究。此外，作为 BioProject 记录，它可作为入口，帮助用户定位该项目下其他类型的数据资源，从而支持多数据类型联合分析。需要说明的是，具体适用场景取决于数据实际内容，源站未提供更详细的适用说明。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 平台访问该记录，编号为 PRJEB126683。BioProject 记录的作用是提供单一入口，链接到该项目产生的多种数据类型。因此，使用该数据集时，通常先通过 BioProject 记录查看其关联的数据资源，再根据研究需要下载或访问相应的全基因组变异数据。关于具体的下载方式、文件格式、数据处理流程等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 BioProject 项目级记录，其质量与限制取决于所关联的具体数据。源站描述仅说明 BioProject 是生物数据的集合，提供查找多种数据类型的统一位置，并未给出该数据集的质量评估指标、完整性说明或使用限制。关于数据是否经过质控、是否存在覆盖度不足、样本代表性如何等问题，源站未提供。因此，在使用前应自行核查其关联数据的具体情况。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式与许可条款，源站未提供。用户在使用时，应参考 NCBI BioProject 平台及该项目记录中可能附带的引用要求和许可说明。由于源站未提供具体内容，此处无法给出确切的引用格式或许可类型。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB126683
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Trichosporon asahii是一种机会致病性酵母，与浅表和侵袭性感染相关，并表现出临床相关的抗真菌耐药性。本研究基于新生成的菌株CBS 2479的近端粒到端粒参考基因组，对20株T. asahii的全基因组重测序数据进行了分析。使用BWA-MEM将Illumina双端读段比对到参考基因组，并按照GATK联合基因分型流程鉴定基因组变异。经过质量过滤后，共保留702,827个高置信度变异位点，其中包括604,826个含SNP等位基因的位点和102,134个含indel等位基因的位点。所得变异数据集通过主成分分析和成对遗传距离分析，用于表征所采样菌株间的全基因组遗传多样性和群体结构。该数据集为研究T. asahii的遗传多样性、群体结构、抗真菌耐药性及其他基因型相关性状提供了基因组资源。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
