野生型C57BL/6J小鼠感染伯氏疟原虫ANKA株后脾脏的单核RNA测序（10x Genomics Flex），作为SpatialBench空间转录组学基准的全转录组参考

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB115683

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集提供了野生型小鼠脾脏的单核RNA测序（snRNA-seq）图谱，作为SpatialBench资源的匹配全转录组参考，用于对高分辨率空间转录组学平台（Visium HD、Xenium和MERSCOPE）进行基准测试。脾脏取自经静脉感染伯氏疟原虫ANKA株以诱导脾脏生发中心形成的C57BL/6J小鼠，随后用氯喹和乙胺嘧啶进行药物治愈，并处理为福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）块。通过研杵解离法（10x Genomics CG000632）从FFPE切片卷中分离细胞核，并使用基于探针的10x Genomics Chromium固定RNA分析（Flex）单重检测（CG000691）进行图谱分析，每个样本目标约10,000个细胞核。这些细胞核图谱用于细胞类型注释以及与匹配空间数据集进行基因水平一致性基准测试。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。