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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJEB110520：囊性纤维化患者中A. ruhlandii丹麦流行株测序

PRJEB110520 是一个与囊性纤维化患者感染相关的细菌测序项目，其英文全称为 “Danish Epidemic Strain of A. ruhlandii sequencing from people with CF”。该项目聚焦于从囊性纤维化（CF）患者中分离的 Achromobacter ruhlandii（鲁氏无色杆菌）丹麦流行株的测序工作，属于感染性疾病领域下的“其他”类别。项目记录托管于 NCBI 的 BioProject 数据库，该数据库用于汇集由单一机构或联盟发起的同一研究计划相关的多种生物数据，并为用户提供统一入口，以便链接和获取该项目所产生的各类数据。主题标签为 Other，源站将其归类于感染性疾病 / 其他。整体而言，该数据集为研究囊性纤维化患者中该流行株的基因组特征提供了数据基础。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，项目编号为 PRJEB110520，源站标题为 “Sequencing of Achromobacter ruhlandii (Danish Epid... (ID 1446446) - BioProject - NCBI”。BioProject 是生物数据的一种组织方式，其记录汇集了由单一机构或联盟发起的同一研究计划相关的多种生物数据，并提供统一入口以链接该项目产生的各类数据。本项目的具体研究对象是来自囊性纤维化患者的 Achromobacter ruhlandii 丹麦流行株。囊性纤维化患者易受多种机会性病原体感染，而 Achromobacter 属细菌是其中值得关注的病原之一。该项目的设立旨在通过测序手段获取该流行株的遗传信息，从而支持相关感染性疾病的研究。源站未提供该项目的具体发起机构、联盟名称或更详细的研究背景信息。

【数据内容】

该数据集的核心内容是针对 Achromobacter ruhlandii 丹麦流行株的测序数据。项目名称明确指出了测序对象为 “Danish Epidemic Strain of A. ruhlandii”，且样本来源于囊性纤维化患者（people with CF）。作为 BioProject 记录，该项目可能包含多种类型的生物数据，例如测序读段、组装序列、注释信息等，但源站未提供具体的数据类型、数据量、文件格式或样本数量的详细信息。主题标签为 Other，源站分类为感染性疾病 / 其他，表明该数据集在分类体系中未被归入更具体的子类。源站未提供关于测序平台、测序策略、覆盖深度或数据分析结果的进一步描述。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）的官方网站。数据以 BioProject 记录的形式呈现，项目 ID 为 1446446。BioProject 记录本身并不直接存储所有原始数据，而是提供链接以指向该项目产生的各类数据。样本来源为囊性纤维化患者，菌株为 Achromobacter ruhlandii 的丹麦流行株。源站未提供样本采集的具体时间、地点、患者数量、临床背景或伦理审批信息。源站也未提供该项目所涉及的具体研究机构或联盟的名称。

【适用场景】

该数据集适用于感染性疾病领域的研究，特别是与囊性纤维化患者细菌感染相关的课题。具体而言，可用于分析 Achromobacter ruhlandii 丹麦流行株的基因组特征、流行病学特征、耐药机制或进化关系等。由于项目聚焦于“丹麦流行株”，可能对研究该地区内该菌株的传播和变异具有参考价值。此外，该数据集也可用于比较基因组学分析，或作为更广泛的 Achromobacter 属研究的一部分。主题标签为 Other，源站分类为感染性疾病 / 其他，因此其适用场景可能涵盖多个与感染相关的交叉领域。源站未提供该数据集的具体应用案例或推荐用途。

【使用方法】

用户可以通过 NCBI BioProject 数据库访问该数据集，项目编号为 PRJEB110520，项目 ID 为 1446446。BioProject 记录提供统一入口，用户可从中找到链接以获取该项目产生的各类数据。具体的数据下载方式、文件格式、分析工具或流程需依据 BioProject 页面提供的链接和说明进行操作。源站未提供关于如何使用该数据集的具体步骤、软件推荐或分析指南。用户可能需要具备一定的生物信息学知识，以便处理测序数据。源站未提供关于数据访问权限或限制的说明。

【质量与限制】

源站未提供关于该数据集质量评估的信息，例如测序质量、组装完整性、注释准确性等。由于源站描述仅对 BioProject 进行了通用说明，未涉及该项目的具体质量控制措施或数据验证情况。此外，该数据集可能受限于样本来源的单一性（丹麦流行株、囊性纤维化患者），其结论外推至其他地区或其他患者群体时需谨慎。源站未提供关于数据偏差、覆盖度或潜在错误的任何说明。用户在使用时应自行评估数据的适用性和可靠性。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式、许可协议或使用条款。用户如需引用或使用该数据集，应参考 NCBI BioProject 数据库的通用引用指南以及该项目页面可能提供的具体说明。源站未提供关于数据共享、再分发或商业使用的许可信息。建议用户直接访问 NCBI 网站获取最新的引用和许可要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB110520

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB110520

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

丹麦流行株（DES）鲁氏无色杆菌（Achromobacter ruhlandii）的全基因组测序，该菌是一种与囊性纤维化（CF）患者慢性气道感染相关的机会性致病菌。该数据集包含从CF患者中收集的临床分离株，旨在研究持续感染过程中的基因组变异、抗菌药物耐药性及适应性。文件命名规则：文件名结构为[PatientID]CF[DDMMYYYY]-[isolate_number]。PatientID：每位患者的唯一标识符；CF：疾病标识符（囊性纤维化）；DDMMYYYY：分离日期；isolate_number：同一日期从同一患者收集的分离株序号（从0开始；例如-0、-1、-2）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别