烟曲霉在SDB、SCFM2及与铜绿假单胞菌PA14共培养中的转录组
该数据集为NCBI BioProject（ID 1485558）收录的烟曲霉转录组数据，覆盖其在SDB、SCFM2培养基中生长以及与铜绿假单胞菌PA14共培养三种条件下的基因表达情况
基本信息
资源简介
烟曲霉在SDB、SCFM2及与铜绿假单胞菌PA14共培养中的转录组
该数据集为 NCBI BioProject 收录的烟曲霉转录组数据，项目编号为 PRJEB109756，对应 BioProject ID 1485558。数据覆盖烟曲霉在三种不同条件下的基因表达情况：在 SDB 培养基中生长、在 SCFM2 培养基中生长，以及与铜绿假单胞菌 PA14 共培养。该数据集属于感染性疾病领域的其他类数据，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，主题标签为 Other。BioProject 是围绕单一研究计划汇集生物数据的记录，来自单一组织或联盟，为用户提供查找该项目所生成多种数据类型的统一入口。该数据集可用于研究烟曲霉在不同营养环境及与铜绿假单胞菌互作条件下的转录响应。
【数据集背景】
烟曲霉是一种重要的真菌病原体，常与细菌共同存在于感染微环境中。铜绿假单胞菌 PA14 是研究细菌与真菌互作的常用菌株。该 BioProject 旨在收集烟曲霉在 SDB、SCFM2 两种培养基中生长以及与铜绿假单胞菌 PA14 共培养条件下的转录组数据，以支持对烟曲霉在不同生长条件和种间互作中基因表达变化的研究。该数据集被归类为感染性疾病 / 其他，主题标签为 Other。源站未提供更详细的研究背景、立项机构或联盟信息。
【数据内容】
该数据集的核心内容是烟曲霉的转录组数据，覆盖三种实验条件：在 SDB 培养基中生长、在 SCFM2 培养基中生长、与铜绿假单胞菌 PA14 共培养。转录组数据通常反映特定条件下基因表达的水平，可用于比较不同条件之间的表达差异。该 BioProject 记录本身提供指向该项目所生成多种数据类型的链接入口。源站未提供样本数量、测序平台、读长、表达矩阵、差异表达基因列表等具体数据细节。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI BioProject，项目英文名称为 PRJEB109756: Aspergillus fumigatus transcriptome during growth in SDB, SCFM2, and co-culture with Pseudomonas aeruginosa PA14，源站标题为 Aspergillus fumigatus transcriptome during growth ... (ID 1485558) - BioProject - NCBI。来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 记录来自单一组织或联盟，用于汇集与单一研究计划相关的生物数据。源站未提供具体采样地点、采样时间、实验操作流程、建库方法或测序机构等信息。
【适用场景】
该数据集适用于感染性疾病领域的研究，尤其是烟曲霉与铜绿假单胞菌相互作用的转录组分析。具体可应用于：比较烟曲霉在 SDB 与 SCFM2 两种培养基中的基因表达差异；分析烟曲霉在与铜绿假单胞菌 PA14 共培养条件下的转录响应；为真菌—细菌互作机制研究提供转录组层面的数据支持；也可作为感染性疾病相关研究的参考数据。由于主题标签为 Other，该数据集也可能适用于更广泛的微生物互作或病原生物学研究场景。源站未提供该数据集的具体适用限制或推荐分析流程。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 记录（ID 1485558）访问该数据集，并利用 BioProject 提供的链接入口查找该项目生成的多种数据类型。使用时可依据项目英文名称和项目编号 PRJEB109756 进行检索与引用。对于转录组数据，通常可进行表达水平比较、差异表达分析、功能富集分析等。源站未提供具体的数据下载格式、分析工具、处理流程或代码示例。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公共生物数据资源。BioProject 记录提供统一入口以查找项目相关数据，但其本身不包含对数据质量的评价。源站未提供该数据集的质量评估信息、数据完整性说明、批次效应信息、重复样本数量或潜在偏差说明。该数据集仅覆盖 SDB、SCFM2 和与铜绿假单胞菌 PA14 共培养三种条件，源站未提供其他条件或时间点的数据。使用时应结合原始数据和分析目的自行评估适用性。
【引用与许可】
该数据集的引用应参考 NCBI BioProject 记录 ID 1485558 以及项目编号 PRJEB109756。源站未提供具体的引用格式、许可协议、使用条款或数据共享政策。用户在使用该数据集时，应遵循 NCBI 及 BioProject 的相关规定，并查阅源站以获取最新的引用与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB109756
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究考察了烟曲霉在不同生长环境中及响应细菌共培养时的转录变化。烟曲霉在沙氏葡萄糖肉汤（SDB）、合成囊性纤维化培养基2（SCFM2）以及与铜绿假单胞菌在SCFM2中共培养的条件下生长。实验条件包括烟曲霉在SDB中的单培养、在SCFM2中的单培养，以及在SCFM2中与铜绿假单胞菌的共培养，每种条件均进行生物学三重重复。从培养物中提取总RNA，并在文库制备和测序前进行rRNA去除。该数据集可用于分析真菌对囊性纤维化相关培养基的转录适应，并鉴定与细菌相互作用相关的基因表达变化。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
