PRJEB107275：古代肠道沙门氏菌的演化历史与反复宿主适应
BioProject 记录本身是围绕单一研究计划汇集各类生物数据的入口，便于用户集中查找该项目产生的多种数据类型。该数据可用于研究 Salmonella enterica 的演化历程及其对宿主的反复适应过程
基本信息
资源简介
PRJEB107275：古代肠道沙门氏菌的演化历史与反复宿主适应
PRJEB107275 是一个围绕“Evolutionary history and recurrent host adaptation in ancient Salmonella enterica”这一研究计划建立的 BioProject 记录。BioProject 是 NCBI 上用于汇集与单一研究计划相关的各类生物数据的入口，这些数据来自单一机构或联合体。该记录本身并不直接呈现某一类具体数据，而是为用户提供一个集中定位该项目所产生多种数据类型链接的场所。就本数据集而言，其主题指向 Salmonella enterica 的演化历史以及该病原体对宿主的反复适应过程，属于感染性疾病领域下的“其他”分类。用户可通过该入口了解项目背景并进一步访问相关数据资源。
【数据集背景】
该数据集对应一项以 Salmonella enterica 为研究对象的生物学研究计划，标题明确指向“演化历史”与“反复的宿主适应”两个核心方向。Salmonella enterica 是一种与感染性疾病相关的病原体，因此该研究计划被归入感染性疾病范畴。BioProject 作为 NCBI 提供的项目级记录形式，其设计目的是将同一研究计划下产生的不同类型生物数据集中关联起来，使用户不必在多个分散的数据源之间反复检索。该记录来源于 ncbi.nlm.nih.gov，主题标签为“Other”。关于该研究计划的具体发起机构、资助来源、项目起止时间等信息，源站未提供。
【数据内容】
该 BioProject 记录本身是围绕单一研究计划汇集各类生物数据的入口，便于用户集中查找该项目产生的多种数据类型。其标题所涵盖的内容包括 Salmonella enterica 的演化历史以及该病原体对宿主的反复适应过程。因此，该项目可能涉及与演化分析和宿主适应研究相关的生物数据，但具体包含哪些数据类型、样本数量、测序平台、基因组组装结果或分析产物等细节，源站未提供。该记录不直接等同于某一组原始数据文件，而是作为指向该项目相关数据资源的索引性条目存在。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，记录标识为 BioProject ID 1532128，英文名称为 PRJEB107275: Evolutionary history and recurrent host adaptation in ancient Salmonella enterica。BioProject 记录的一般定义是：与单一研究计划相关、来自单一机构或联合体的生物数据集合，并为用户提供查找该项目所产生多种数据类型的统一入口。关于本项目的具体样本采集地点、采集时间、宿主范围、实验设计、测序方法或数据处理流程等信息，源站未提供。
【适用场景】
基于该记录的主题指向，该数据集可用于研究 Salmonella enterica 的演化历程及其对宿主的反复适应过程。在感染性疾病研究领域，此类项目级记录适合作为检索起点，帮助研究者定位与沙门氏菌演化及宿主适应相关的生物数据资源。此外，由于 BioProject 的设计目标是集中呈现单一研究计划下的多种数据类型，该记录也适用于需要跨数据类型查找同一项目资源的场景。关于该数据集在其他具体研究方向上的适用性，源站未提供。
【使用方法】
用户可通过 NCBI 的 BioProject 记录入口访问该数据集，并借助记录中提供的链接查找该项目产生的多种数据类型。BioProject 的作用是提供单一入口，因此使用时应将其视为项目级导航页面，而非直接的数据下载地址。关于该项目的具体数据访问方式、下载途径、所需工具或分析流程，源站未提供。
【质量与限制】
该记录为 BioProject 项目级条目，其功能是汇集与单一研究计划相关的生物数据链接，而非直接呈现经过统一质控的某一类数据。因此，使用该数据集时应注意区分项目记录与具体数据文件之间的差异。关于该项目的样本质量、数据完整性、测序深度、覆盖度、注释质量或任何质控指标，源站未提供。该记录的主题标签为“Other”，分类为感染性疾病 / 其他，未给出更细化的领域限定。
【引用与许可】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，记录标识为 BioProject ID 1532128。关于该项目的引用方式、作者列表、发表文献、数据使用许可、再分发条件或版权声明等信息，源站未提供。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB107275
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
肠道沙门菌肠道亚种是一种多样性极高的细菌病原体，在人群中引起频繁感染和食源性疾病。目前已描述了超过1500种不同的细菌菌株（血清型），其中许多具有广泛的宿主范围。少数血清型已适应感染特定宿主：其中，伤寒沙门菌血清型和甲型、乙型及丙型副伤寒沙门菌血清型引起灵长类特异性全身性感染（伤寒和副伤寒）。尽管丙型副伤寒沙门菌血清型是当今最罕见的人类特异性血清型之一，但它曾经广泛流行，且迄今为止发表的所有古代沙门菌基因组都属于该谱系或为其祖先。在此，我们呈现了53个新的古代沙门菌基因组，横跨欧亚大陆，年代介于公元前3500年至公元1300年之间。这一丰富的基因组数据集使我们能够以前所未有的细节重建该病原体的进化史。我们鉴定出多个已灭绝的史前谱系，它们曾在整个欧亚大陆引起感染。在史前和历史时期均观察到多次谱系替换事件，并利用贝叶斯系统发育分析对该谱系内的宿主适应事件进行定年和鉴定。
我们发现，宿主适应性亚系副伤寒丙型、猪霍乱和猪伤寒继续独立于彼此演化出宿主特异性。通过分析共享的假基因以及反复发生的基因获得与丢失事件，我们重建了所研究谱系及其他宿主适应性菌株中趋同宿主适应的信号。这一分析揭示了宿主相互作用作为选择的一个特定靶点的作用，突显了该肠炎沙门氏菌谱系逐渐适应人类的过程，这一过程与牧业及定居农业社会中畜牧业集约化的加剧相吻合。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
