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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJEB107108：从考古与抄本材料中获取的21个新古代羊痘病毒基因组，跨越近3500年

该数据集来自 NCBI BioProject（编号 PRJEB107108），主题为从考古与抄本材料中获取的21个新古代羊痘病毒基因组，时间跨度覆盖近3500年。源站标题将其概括为“3,500 years of sheeppox virus evolution inferred f...”，表明其核心内容与羊痘病毒在数千年时间尺度上的演化研究相关。数据集在分类上归属于感染性疾病 / 其他，主题标签为 Other。作为 BioProject 记录，它提供了一个集中入口，用于关联由某一倡议或组织产生的多种类型生物数据。整体而言，该数据集为研究古代羊痘病毒的基因组特征及其历史演化提供了新的材料来源，适合关注病毒演化、古代DNA及感染性疾病史的研究者参考使用。

【数据集背景】

该数据集对应的 BioProject 编号为 PRJEB107108，英文名称为“Retrieval of 21 new ancient sheeppox virus genomes from archaeological and codicological materials, spanning the last 3,500 years.”。源站标题为“3,500 years of sheeppox virus evolution inferred f... (ID 1485364) - BioProject - NCBI”。从标题和名称可以看出，该项目的核心背景是围绕羊痘病毒在古代材料中的基因组获取，以及由此推断近3500年间的演化关系。BioProject 本身是 NCBI 提供的一种记录形式，用于汇集与某一单一倡议相关的生物数据，这些数据可来自单一组织或联合体。该数据集在分类上被归入感染性疾病 / 其他，主题标签为 Other。源站未提供更详细的项目发起机构、资助信息或研究团队背景。

【数据内容】

该数据集包含21个新获得的古代羊痘病毒基因组。这些基因组来源于考古与抄本材料，时间跨度覆盖近3500年。源站标题提及“3,500 years of sheeppox virus evolution inferred”，说明这些基因组数据可用于推断羊痘病毒在约3500年时间范围内的演化过程。除基因组数量和时间跨度外，源站未提供关于基因组长度、覆盖度、测序深度、组装质量或具体样本清单的更多信息。数据集在 NCBI BioProject 中以项目记录形式存在，可链接到该项目产生的多种数据类型，但具体数据类型和文件构成源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。样本材料来自考古与抄本材料，即考古学材料与抄本学材料。项目从这些材料中检索或获取了21个新的古代羊痘病毒基因组。源站未提供具体的采样地点、考古遗址名称、抄本来源、样本年代测定方法或样本保存状态等信息。BioProject 记录本身说明其可来自单一组织或联合体，但该项目的具体来源机构源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与羊痘病毒演化相关的研究场景，尤其是涉及古代病毒基因组、近3500年时间尺度演化推断的研究。由于归类于感染性疾病 / 其他，也可供感染性疾病史、古代DNA研究、病毒系统发育分析等方向的研究者参考。源站未提供该数据集在疫苗开发、临床诊断或公共卫生监测等具体应用场景中的用途说明。

【使用方法】

该数据集以 NCBI BioProject 记录形式提供，用户可通过 BioProject 编号 PRJEB107108 在 NCBI 站点查找该项目，并经由项目记录链接到其关联的多种数据类型。源站描述指出，BioProject 记录为用户提供一个单一入口，用于发现为该项目生成的不同类型数据。除这一通用访问方式外，源站未提供关于数据下载格式、分析流程、软件工具或具体使用步骤的信息。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量评估、基因组完整性、污染控制、测序错误率或验证方法的具体信息。由于涉及古代材料，通常可能存在降解和污染等挑战，但源站未就此数据集给出具体说明。该数据集的限制还包括：源站未提供样本数量以外的详细元数据、未提供时间跨度的具体测定依据、未提供基因组组装或注释状态。用户在使用时应以源站实际记录为准。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式、许可条款或使用限制。用户如需引用或使用，应查阅 NCBI BioProject 记录 PRJEB107108 及相关源站页面以获取最新信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB107108

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB107108

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

绵羊痘病毒（SPPV；山羊痘病毒属绵羊痘）是当今一种主要的家畜病原体，通过降低产量和导致易感绵羊死亡，在全球南方造成经济困难。据认为，该病已影响欧亚社会数千年，自罗马古代以来就有类似绵羊痘疾病的记载。在此，我们报告了从欧亚草原青铜时代时期（约公元前1700年）到西欧近代早期，共回收了20个古代SPPV基因组。我们的数据集包括从 medieval parchment manuscripts 中获得的多个基因组，表明基于皮肤的文献是过去病原体基因组的一个未被充分认识来源。利用这一时间基因组数据集，我们完善了山羊痘病毒属的进化史，并估计主要山羊痘病毒谱系在约11,500至3,700年前分化，具体取决于树拓扑结构和突变模型。我们的数据集支持SPPV代表从导致山羊痘病毒和块状皮肤病病毒的谱系中最早分化出来（山羊痘病毒属山羊痘和山羊痘病毒属块状皮肤病痘）。

我们确定，在SPPV和山羊痘病毒中已知的基因失活事件同样存在于我们最早的SPPV基因组中，因此这些事件在其分化后迅速发生。这些发现共同重塑了我们对羊痘历史、中世纪欧洲家畜疾病负担以及Capripoxvirus进化的理解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别