基本信息

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创建/更新时间

2026-10-22

资源简介

PRJEB105235：RNA_SEQ_TEM_EC1 大肠杆菌转录组数据

PRJEB105235: RNA_SEQ_TEM_EC1 是一个来源于 NCBI 的 RNA 测序数据集，收录于感染性疾病 / 其他分类之下。该数据集围绕大肠杆菌临床分离株在药理学相关浓度的阿莫西林-克拉维酸（AMX-CLV）暴露条件下的转录组反应展开，包含在时间进程实验中、对应临床可达到的全身药物浓度的不同 AMX-CLV 暴露条件下采样所生成的 RNA-seq 表达谱。这些数据可用于分析 β-内酰胺/β-内酰胺酶抑制剂应答、应激适应通路、可移动遗传元件的动员以及耐药性出现相关机制，为理解药物敏感与药物选择耐药亚群之间的差异基因表达模式提供数据基础。

【数据集背景】

该数据集所依托的研究关注大肠杆菌临床分离株在药理学相关阿莫西林-克拉维酸浓度暴露下的转录组与基因组反应。研究采用中空纤维感染模型来重现人体血浆与尿液的药物药代动力学特征，并在此基础上开展 RNA 测序，以刻画药物敏感亚群与药物选择耐药亚群中的差异基因表达模式。这一背景决定了数据集的核心价值在于反映临床可达到药物浓度条件下细菌的转录层面应答，而非简单的体外高浓度暴露实验。

【数据内容】

数据集的主体是 RNA-seq 表达谱，这些谱图来自时间进程实验过程中、在不同 AMX-CLV 暴露条件下采集的分离株样本，所对应的暴露条件为临床可达到的全身药物浓度。数据覆盖药物敏感与药物选择耐药两个亚群，可用于比较二者在差异基因表达上的区别。按照源站描述，这些数据支持对 β-内酰胺/β-内酰胺酶抑制剂应答、应激适应通路、可移动遗传元件动员以及耐药性出现相关机制的分析。数据集的主题标签为 Other，本站分类归入感染性疾病 / 其他。

【采集与来源】

数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov。样本采集依托中空纤维感染模型，该模型用于重现人体血浆与尿液的药物药代动力学；RNA-seq 谱图即由时间进程实验中不同 AMX-CLV 暴露条件下采集的分离株样本生成。关于样本量、测序平台、读长、时间点数量等具体技术参数，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究大肠杆菌临床分离株对阿莫西林-克拉维酸联合用药的转录组应答，包括药物敏感与耐药亚群之间差异表达模式的比较；也适用于分析 β-内酰胺/β-内酰胺酶抑制剂应答机制、应激适应通路的激活情况、可移动遗传元件的动员过程以及耐药性出现的相关机制。由于暴露条件对应临床可达到的全身药物浓度，数据可用于贴近临床用药情境的转录层面分析。关于数据是否适用于其他菌种、其他药物或其他感染模型，源站未提供。

【使用方法】

使用时可依据时间进程实验设计与不同 AMX-CLV 暴露条件对样本进行分组，比较药物敏感与药物选择耐药亚群之间的差异基因表达模式，并围绕 β-内酰胺/β-内酰胺酶抑制剂应答、应激适应通路、可移动遗传元件动员及耐药性出现机制等方向开展分析。具体的下载方式、文件格式、数据处理流程与推荐分析工具，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于中空纤维感染模型与 RNA 测序生成，其暴露条件对应临床可达到的全身药物浓度，这一设计有助于贴近临床情境。关于数据质量指标、批次效应、重复数、测序深度及覆盖度等信息，源站未提供。数据集仅涉及大肠杆菌临床分离株与 AMX-CLV 暴露，向其他菌种、药物或暴露条件的推广需谨慎，相关外推依据源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov，英文名为 PRJEB105235: RNA_SEQ_TEM_EC1。关于引用方式、许可条款与使用限制，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB105235

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB105235

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究考察了临床分离的大肠埃希菌在药理学相关阿莫西林-克拉维酸（AMX-CLV）浓度暴露下的转录组和基因组反应。利用中空纤维感染模型重现人血浆和尿液药物药代动力学，我们进行了RNA测序，以表征药物敏感和药物选择耐药亚群中的差异基因表达模式。该数据集包括在对应于临床可达到的全身药物浓度的不同AMX-CLV暴露条件下，时间过程实验中采样分离株所生成的RNA-seq图谱。这些数据支持对β-内酰胺/β-内酰胺酶抑制剂反应、应激适应途径、可移动遗传元件的动员以及与耐药性出现相关机制的分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别