预防性滴眼液相关结膜与鼻腔表皮葡萄球菌全基因组测序

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJDB42388

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本BioProject包含接受玻璃体内抗VEGF注射并反复预防性使用莫西沙星滴眼液患者的结膜囊和鼻腔分离表皮葡萄球菌菌株的全基因组测序数据。样本采集自两组患者：A组（n = 21），在首次使用抗菌滴眼液之前；B组（n = 26），在使用莫西沙星滴眼液（1.5%，每日三次，每次注射前后各7天）20次或以上之后。从细菌分离株中提取基因组DNA，并在Illumina HiSeq X Five平台上进行测序。这些数据用于研究gyrA、gyrB、parC和parE中喹诺酮类耐药决定区（QRDR）突变，并进行系统发育分析，比较同一个体结膜囊和鼻腔的分离株。该数据集可用于评估反复局部使用抗菌药物如何影响眼部和鼻腔生态位之间耐药共生菌的出现及位点间传播。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。