PRJDB41229：ResMicroDb样本相似性搜索功能示例样本（PRJCA044378）
该数据集为ResMicroDb平台“样本相似性搜索”工具的演示数据，包含来自同一成年个体的四份外部宏基因组样本，覆盖鼻咽和口咽部位，既有健康状态样本，也有SARS-CoV-2感染后样本
基本信息
资源简介
PRJDB41229：ResMicroDb样本相似性搜索功能示例样本（PRJCA044378）
该数据集为 ResMicroDb 平台“样本相似性搜索”工具的演示数据，包含来自同一成年个体的四份外部宏基因组样本，覆盖鼻咽和口咽部位，既有健康状态样本，也有 SARS-CoV-2 感染后样本。数据集英文名称为 PRJDB41229: Example Samples for the ResMicroDb Sample Similarity Search Function (PRJCA044378)，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，本站分类归入感染性疾病 / 其他，主题标签为 Other。其核心用途是展示 ResMicroDb 上“样本相似性搜索”工具的功能，通过四份真实外部宏基因组样本的演示，帮助使用者了解该工具在样本相似性检索场景下的表现与操作方式。
【数据集背景】
ResMicroDb 平台提供“样本相似性搜索”工具，为直观展示该工具的功能，相关方准备了这套由四份外部宏基因组样本组成的演示数据集。该数据集并非面向大规模人群研究设计，而是以演示为目的，选取同一成年个体的样本，覆盖健康状态与 SARS-CoV-2 感染后状态，并涉及鼻咽和口咽两个采样部位，从而在有限的样本量下呈现一定的状态与部位差异，便于观察相似性搜索工具在不同样本间的检索效果。
【数据内容】
数据集包含四份外部宏基因组样本，均采集自同一成年个体。样本覆盖鼻咽和口咽部位，并同时包含健康状态样本与 SARS-CoV-2 感染后样本。每份样本在进入后续分析前均经过宿主序列去除处理，所用工具为 Bowtie2。除上述样本数量、个体来源、部位与状态构成以及宿主读段去除处理外，源站未提供各样本的具体测序平台、读段数量、数据量、文件格式等更细粒度的数据描述。
【采集与来源】
样本采集自单一成年个体，采样部位为鼻咽和口咽，样本状态涵盖健康与 SARS-CoV-2 感染后两类。数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于采样时间、采样方法、伦理审批与知情同意等具体信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集主要用于演示 ResMicroDb 平台“样本相似性搜索”工具的功能，适合需要了解该工具如何基于宏基因组样本进行相似性检索的使用者参考。由于样本来自同一成年个体且数量仅为四份，其设计目标并非支撑群体层面的统计推断或疾病关联分析，而是作为工具功能的示例数据。使用者可将其视为理解工具输入形式与检索流程的演示材料。
【使用方法】
使用方式围绕 ResMicroDb 的“样本相似性搜索”工具展开，即以该数据集中的四份外部宏基因组样本作为演示输入，观察工具在健康与感染后样本、鼻咽与口咽样本之间的相似性搜索结果。关于具体的操作步骤、参数设置、输入文件要求与结果解读方式，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为演示性质，样本量仅四份，且全部来自同一成年个体，覆盖鼻咽与口咽两个部位以及健康与 SARS-CoV-2 感染后两种状态，样本间的差异同时受到部位、状态与个体内变异等因素影响，因此不适合用于推断人群层面的规律。样本经过 Bowtie2 去除宿主读段，但源站未提供去除效率、剩余微生物读段比例等质控指标。其他质量评估信息源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式与使用许可，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJDB41229
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
为展示ResMicroDb上“样本相似性搜索”工具的功能，我们准备了一个包含四个外部宏基因组样本的数据集。这些样本采集自同一名成年个体，包括来自鼻咽和口咽的健康样本及SARS-CoV-2感染后样本。随后，我们使用Bowtie2从每个样本中移除了宿主序列。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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