三人合成微生物菌群的胆汁酸代谢组学分析
以甘胆酸（GCA）和牛磺胆酸（TCA）作为胆汁酸底物。在 36 小时和 60 小时从独立培养物中采集样本，每组每个时间点设三个生物学重复（共 24 个培养物）
基本信息
资源简介
三人合成微生物菌群的胆汁酸代谢组学分析
MTBLS16133 数据集围绕一个由三株细菌构成的人工合成微生物联合体开展胆汁酸代谢研究，该联合体由 Clostridium scindens、Eubacterium limosum 和 Eggerthella lenta 组成。研究以甘胆酸（GCA）和牛磺胆酸（TCA）作为胆汁酸底物，设置四个实验组：G1 为无菌对照，G2 仅含 C. scindens，G3 含 C. scindens 与 E. limosum，G4 含全部三株菌。样本在培养 36 小时和 60 小时从独立培养物中采集，每组每个时间点设三个生物学重复，共 24 个培养物。研究通过质谱数据刻画不同微生物组合下的胆汁酸转化，重点关注去结合、7α-脱羟基及下游胆汁酸修饰。该数据集属于感染性疾病 / 其他分类，来源站为 ebi.ac.uk。
【数据集背景】
胆汁酸在宿主与肠道微生物的共同作用下经历多种化学修饰，其中去结合和 7α-脱羟基是微生物胆汁酸代谢的关键环节。该研究以定义明确的三株细菌联合体为对象，试图在受控培养条件下解析单一菌株与不同菌株组合对胆汁酸转化的贡献。实验设计包含无菌对照和逐级增加菌株的梯度组合，为区分各成员在代谢过程中的作用提供了基础。源站描述未提供更多关于研究动机或背景的细节。
【数据内容】
数据集的核心内容是针对上述四个实验组、两个时间点采集的培养样本所生成的质谱数据，用于表征胆汁酸转化。研究的关注点包括去结合、7α-脱羟基以及下游胆汁酸修饰。样本以 GCA 和 TCA 为底物，在 36 小时和 60 小时采集，每组每个时间点三个生物学重复，总计 24 个培养物。除上述质谱数据与实验分组信息外，源站未提供关于具体代谢物列表、定量指标或数据文件构成的更多说明。
【采集与来源】
样本来自独立培养物，实验组为 G1 无菌对照、G2 仅 C. scindens、G3 C. scindens 与 E. limosum、G4 三株菌全部包含。培养体系中供应 GCA 和 TCA 作为胆汁酸底物。采样时间点为 36 小时和 60 小时，每组每个时间点设三个生物学重复，共 24 个培养物。数据由质谱分析生成。数据集来源站为 ebi.ac.uk，本站分类为感染性疾病 / 其他。源站未提供培养条件、质谱平台型号或样本处理流程的进一步信息。
【适用场景】
该数据集适用于研究肠道细菌对胆汁酸的代谢转化，尤其是比较单菌与多菌组合在去结合、7α-脱羟基及下游修饰方面的差异。由于包含无菌对照和逐级菌株组合，可用于探讨微生物联合体中各成员的功能分工与协同作用。质谱数据可用于胆汁酸相关代谢谱的观察与方法开发参考。源站未提供关于该数据集在其他研究场景中应用的说明。
【使用方法】
使用时可依据实验分组（G1 至 G4）和时间点（36 小时、60 小时）组织样本，并结合三个生物学重复进行组间比较。分析方向可围绕 GCA 与 TCA 的去结合、7α-脱羟基及下游胆汁酸修饰展开。源站未提供具体的数据下载格式、分析流程或软件工具说明。
【质量与限制】
数据集设置了无菌对照和三个生物学重复，每组每个时间点均有独立培养物，共 24 个培养物，这为组内比较提供了基础。研究使用定义明确的三株细菌联合体，体系相对可控。源站未提供关于质谱数据质量指标、缺失值处理、批次效应或验证实验的信息，相关质量评估与限制说明无法从现有描述中确定。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/metabolights/MTBLS16133
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究通过由梭状芽孢杆菌、黏液真杆菌和迟缓埃格特菌组成的明确三成员合成微生物群落，考察了胆汁酸代谢。共设立四个实验组：G1为无菌对照；G2仅含梭状芽孢杆菌；G3含梭状芽孢杆菌和黏液真杆菌；G4含全部三种细菌。以甘氨胆酸（GCA）和牛磺胆酸（TCA）作为胆汁酸底物。于36小时和60小时从独立培养物中采集样本，每组每个时间点设三个生物学重复（共24份培养物）。通过质谱数据表征不同微生物组合下的胆汁酸转化，尤其关注去结合、7α-脱羟基及下游胆汁酸修饰。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
