分子相互作用数据库

自2013年9月起,MINT 使用 IntAct 数据库基础设施,以减少重复工作并优化未来的软件开发。由 MINT 审编人员人工审编的数据现可从 EBI 的 IntAct 主页访问

re3data
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蛋白质分子相互作用蛋白质相互作用感染性疾病IMExIntActPSICQUIC
Molecular INTeraction Database

基本信息

模态
蛋白质
创建/更新时间
2026-10-18

资源简介

分子相互作用数据库

Molecular INTeraction Database(MINT)是一个公共的分子相互作用数据库,收录来自同行评审期刊报道的分子相互作用信息。自2013年9月起,MINT 采用 IntAct 数据库基础设施,以减少重复性工作并优化未来的软件开发。由 MINT 审编人员人工审编的数据现可从 EBI 的 IntAct 主页访问。MINT 的数据维护与发布、MINT PSICQUIC 和 IMEx 服务由 IntAct 团队负责,审编工作由双方团队共同承担。MINT 开发团队目前专注于两项新工作:mentha 和 SIGNOR。该数据集在本站归入感染性疾病 / 其他分类,来源站为 mint.bio.uniroma2.it。

【数据集背景】

MINT 是一个公共存储库,专门收录在同行评审期刊中报道的分子相互作用。随着数据规模和协作需求的变化,MINT 自2013年9月起转向使用 IntAct 数据库基础设施,目的在于限制重复性工作,并为后续软件开发优化基础。这一调整也带来了职责分工的变化:数据维护与发布、MINT PSICQUIC 和 IMEx 服务由 IntAct 团队承担责任,而审编工作则由相关团队共同承担。与此同时,MINT 开发团队将精力转向两项新的发展方向:mentha 和 SIGNOR。其中 mentha 整合由 IMEx 数据库审编的蛋白质相互作用信息,SIGNOR 则是一个关于人类蛋白质之间逻辑关系的数据库。

【数据内容】

MINT 的核心内容是分子相互作用信息,这些信息来源于同行评审期刊的报道,并经过人工审编。作为公共存储库,它面向分子相互作用数据的检索与利用。就本站分类而言,该数据集被归入感染性疾病 / 其他类别。关于数据的具体条目数量、覆盖物种范围、相互作用类型细分、更新频率等细节,源站未提供。

【采集与来源】

MINT 的数据来自同行评审期刊中报道的分子相互作用,并由 MINT 审编人员进行人工审编。自2013年9月起,这些人工审编的数据可从 EBI 的 IntAct 主页访问。数据维护与发布以及 MINT PSICQUIC 和 IMEx 服务由 IntAct 团队负责,审编工作由双方团队共同承担。关于原始文献筛选标准、审编流程的具体步骤、数据提交渠道等细节,源站未提供。

【适用场景】

MINT 作为分子相互作用的公共存储库,可用于查找和分析分子相互作用信息。其数据可通过 EBI 的 IntAct 主页访问,并涉及 MINT PSICQUIC 和 IMEx 服务。MINT 开发团队关注的两项新工作中,mentha 整合由 IMEx 数据库审编的蛋白质相互作用信息,SIGNOR 涉及人类蛋白质之间的逻辑关系。关于具体的分析流程、可视化能力或通路展示功能,源站未提供。

【使用方法】

由 MINT 审编人员人工审编的数据现可从 EBI 的 IntAct 主页访问。MINT PSICQUIC 和 IMEx 服务由 IntAct 团队负责。关于访问接口的具体调用方式、查询语法、批量下载途径等细节,源站未提供。

【质量与限制】

MINT 的数据经过人工审编,这一过程由 MINT 审编人员完成,审编工作现由相关团队共同承担。自2013年9月起采用 IntAct 数据库基础设施,旨在减少重复工作并优化软件开发。关于数据准确性评估、覆盖完整性、已知偏差或使用限制等具体说明,源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://mint.bio.uniroma2.it/

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

自2013年9月起,MINT利用IntAct数据库基础设施来限制重复工作并优化未来的软件开发。由MINT策展人手动整理的数据现在可以从EBI的IntAct主页访问。数据维护与发布、MINT PSICQUIC和IMEx服务由IntAct团队负责,而策展工作将由两个团队共同承担。MINT开发团队现在专注于两项新开发:mentha,它整合了由IMEx数据库策展的蛋白质相互作用信息;以及SIGNOR,一个人类蛋白质间逻辑关系的数据库。MINT是一个公开的分子相互作用库,收录了同行评审期刊中报道的分子相互作用。它是一个分子相互作用数据库集合,可用于搜索、分析并以图形方式展示来自多种物种的分子相互作用网络和通路。MINT由多个独立的数据库组件构成。HomoMINT是一个推断的人类蛋白质相互作用数据库。Domino是一个结构域肽相互作用数据库。新增了一个名为VirusMINT的组件,用于探索病毒蛋白与人类蛋白质之间的相互作用。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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